| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,974,333 | (A)8→7 | intergenic (‑297/‑288) | aas ← / → galR | 2‑acyl‑glycerophospho‑ethanolamine acyltransferase/GalR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,974,326 | 0 | A | . | 89.4% | 848.1 / 105.3 | 226 | intergenic (‑290/‑295) | aas/galR | 2‑acyl‑glycerophospho‑ethanolamine acyltransferase/GalR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (15/9); new base . (109/93); total (124/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.10e-02 | |||||||||||
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
CGACTCTTCGCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCAAAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAATTCATGTGCTCAACCCGAAGTTGACTTCACCTATCAATACCTCTGGGATCACC > NC_000913/2974234‑2974413 | cctctTCGCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaa < 2:6557302/92‑1 (MQ=255) acTCTTCGCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaa > 2:791408/1‑93 (MQ=255) tctTCGCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaaaa > 2:6201532/1‑93 (MQ=255) tCGCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaaaaaac < 2:1866294/93‑2 (MQ=255) gCCAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaaaaaacct < 1:6637715/93‑4 (MQ=255) ccAGCGAGAAAACGCAAAGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCaaaaaaacctg < 2:2691128/93‑5 (MQ=255) 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aaaGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGc > 1:5093746/1‑93 (MQ=255) aaaGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGc > 1:4766890/1‑93 (MQ=255) aaGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCt > 1:456127/1‑93 (MQ=255) aGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTg > 2:4462077/1‑93 (MQ=255) aGGAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTg > 1:1578497/1‑93 (MQ=255) ggAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTgg < 1:932100/93‑1 (MQ=255) ggAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTgg > 1:5582334/1‑93 (MQ=255) ggAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTgg > 1:1757976/1‑93 (MQ=255) gAATGAAGGGAAATGCAAGGAGGTGTTTAAATGGGCGGTTACGCTTAAAATTTGATGCCCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgt < 2:4528905/93‑1 (MQ=19) gAATGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgt < 2:5991593/93‑1 (MQ=255) aTGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgtgt > 1:3150632/1‑93 (MQ=255) aTGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgtgt > 2:2600554/1‑93 (MQ=255) aTGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgtgt > 1:4894888/1‑93 (MQ=255) aTGAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGgtgt > 1:4630072/1‑93 (MQ=255) gAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTaa < 2:4093603/93‑1 (MQ=255) gAAGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTaa < 1:5479991/93‑1 (MQ=255) aaGTGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAAt < 1:1126272/93‑1 (MQ=255) aaGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGCAAAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTaa > 1:3999158/1‑93 (MQ=255) aaGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAAt > 1:529764/1‑93 (MQ=255) aaGGGAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAAt > 2:2550851/1‑93 (MQ=255) gggAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAATTc > 1:1061712/1‑93 (MQ=255) gggAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAATTc > 1:6353605/1‑93 (MQ=255) gggAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAATTc > 1:6445648/1‑93 (MQ=255) ggAAATGCAACGAGGTGTGTAAATTGTCGGTTACTGTTACAGATTGATGACCGGC‑AAAAAAACCTGCGCATCTGCGCAGGCTGGTGTAATTCa > 1:2906067/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |