Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,652,626 | T→C | E180E (GAA→GAG) | rspA ← | starvation sensing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,652,626 | 0 | T | C | 99.5% | 740.3 / NA | 201 | E180E (GAA→GAG) | rspA | starvation sensing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (99/101); total (99/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
CAGCAAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGTTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGACCTTTACCTTTCGACATGCCGTAGGTGGTTTTCATACCAGGGATTC > NC_000913/1652536‑1652714 | gcaAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctctt < 2:3501212/93‑1 (MQ=255) gcaAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctctt > 1:1629347/1‑93 (MQ=255) gcaAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctctt < 1:1684398/93‑1 (MQ=255) gcaAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctctt > 1:5127349/1‑93 (MQ=255) caAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctcttc < 2:2659347/93‑1 (MQ=255) caAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctcttc < 2:5390204/93‑1 (MQ=255) caAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctcttc < 2:2103053/93‑1 (MQ=255) caAATGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGctcttc < 2:4065616/93‑1 (MQ=255) aaaTGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTcc < 1:4020859/93‑1 (MQ=255) aaaTGTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTcc < 1:1950832/93‑1 (MQ=255) gTTCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGcc > 1:5685987/1‑93 (MQ=255) tCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCAc > 1:4974368/1‑93 (MQ=255) tCATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCAc < 1:6160251/93‑1 (MQ=255) cATTAAAACCAAACTTGTTACGTACCGCGTCAAACAATTTCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACt < 1:4764563/93‑1 (MQ=255) 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tttCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttacc < 2:775956/93‑1 (MQ=255) tttCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttacc > 2:1569015/1‑93 (MQ=255) ttCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttacct < 1:1010814/93‑1 (MQ=255) tCGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttacctt < 2:4390341/93‑1 (MQ=255) cGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttaccttt < 2:630258/93‑1 (MQ=255) cGGCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGacctttaccttt < 2:3175019/93‑1 (MQ=255) ggCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGACCTTTACCTTTc < 2:5118730/93‑1 (MQ=255) gCATGAAATCGAGGTATTTCTCCGTCGACCACAGCTGCTCTTCCGGCCACTGTCCTTTGGTTGCGGGTTCATAAGCCAGACCGTTACCTTTCg > 1:5906531/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |