Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 106,897 | T→A | L114Q (CTG→CAG) | lpxC → | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 106,897 | 0 | T | A | 99.6% | 1031.5 / ‑5.4 | 267 | L114Q (CTG→CAG) | lpxC | UDP‑3‑O‑acyl N‑acetylglucosamine deacetylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (135/130); minor base G (0/1); total (135/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.92e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
TCGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGAACTGCGCCAAAAAATTTGTTCGCATCAAAGAGACTGTTCGTGTCGAAGATGGCGATAAGT > NC_000913/106807‑106986 | tcGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACcagc < 1:5081610/93‑1 (MQ=255) tcGCGGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACcagc < 2:2007097/93‑1 (MQ=255) cgcgGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACcagct > 1:5597003/1‑93 (MQ=255) gcgGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACcagctg < 2:2928618/93‑1 (MQ=255) cgGGCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCacctgc > 1:134431/1‑93 (MQ=255) gggCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAgctgct < 1:842012/93‑1 (MQ=255) ggCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCtt > 2:115287/1‑93 (MQ=255) ggCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCtt > 1:1739143/1‑93 (MQ=255) ggCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCtt > 1:21009/1‑93 (MQ=255) ggCTTGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCtt < 2:6120071/93‑1 (MQ=255) ttGGGCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGAc < 1:4628167/93‑1 (MQ=255) gggCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGc < 1:2388994/93‑1 (MQ=255) ggCATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGcc < 1:1784658/93‑1 (MQ=255) cATCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCgg < 2:2847331/93‑1 (MQ=255) aTCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGt < 2:3072227/93‑1 (MQ=255) aTCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGt > 2:2455877/1‑93 (MQ=255) tCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTa > 2:6057298/1‑93 (MQ=255) tCGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTa < 1:2858453/93‑1 (MQ=255) cGATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTAt < 1:3656812/93‑1 (MQ=255) gATAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATc > 1:5816757/1‑93 (MQ=255) tAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCTGCTGCTTGACGCCGGTATcga < 2:6597030/93‑1 (MQ=255) tAACATTGTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATcga < 2:3239199/93‑1 (MQ=255) 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tGTTATCGAAGTTAACGCGCCGCAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGtt < 2:5758252/93‑1 (MQ=255) gTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTg < 2:780859/93‑1 (MQ=255) gTTATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTg < 1:1239457/93‑1 (MQ=255) ttATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGa < 2:3784618/93‑1 (MQ=255) ttATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGa < 2:3700271/93‑1 (MQ=255) ttATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGa < 1:2959606/93‑1 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGaa > 1:112250/1‑93 (MQ=255) tATCGAAGTTAACGCGCCGGAAATCCCGATCATGGACGGCAGCGCCGCTCCGTTTGTATACCAGCTGCTTGACGCCGGTATCGACGAGTTGaa > 1:1488523/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |