Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,026,185 | C→T | intergenic (‑131/+25) | b1956 ← / ← b1957 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,026,185 | 0 | C | T | 84.8% | 546.4 / 70.1 | 197 | intergenic (‑131/+25) | b1956/b1957 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/13); new base T (98/69); total (115/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.62e-01 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
GTACCGCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAGCTTCC > NC_000913/2026093‑2026273 | aCCGCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCg < 2:165203/93‑1 (MQ=255) aCCGCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCg < 1:2665262/93‑1 (MQ=255) cGCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATCCGGc < 2:2653467/93‑1 (MQ=255) cGCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGACGGATGTGATTCGGc > 2:1614022/1‑93 (MQ=255) gCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGcc > 2:139890/1‑93 (MQ=255) gCAAAACAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGcc > 2:3743109/1‑93 (MQ=255) aaaaCAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTg > 1:2295156/1‑93 (MQ=255) aCAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATg < 1:5740452/93‑1 (MQ=255) cAGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGt > 2:1154807/1‑93 (MQ=255) aGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGtt < 1:2952502/93‑1 (MQ=255) aGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGtt > 1:4876474/1‑93 (MQ=255) aGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGtt < 2:1361462/93‑1 (MQ=255) aGCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGtt > 2:5354117/1‑93 (MQ=255) gCGATAATTTTATAATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTa > 2:5464975/1‑93 (MQ=255) 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tataATGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCt < 2:6625622/93‑1 (MQ=255) aaaTGGTGGCATGATAAGACGCAACTATCACTCATTGCAGCCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCttt < 1:4678570/92‑1 (MQ=255) aaTGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTc > 2:4730961/1‑93 (MQ=255) aaTGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTc > 2:3629541/1‑93 (MQ=255) aTGGTGGCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTca > 1:325941/1‑93 (MQ=255) tggtggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTcac > 2:1239771/1‑93 (MQ=255) tggtggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTcac > 1:6162515/1‑93 (MQ=255) gtggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCacac > 1:273138/1‑93 (MQ=255) tggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACAct < 2:1062954/93‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActt < 1:2016098/93‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActt > 2:3085477/1‑93 (MQ=255) ggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActt > 2:127080/1‑93 (MQ=255) ggCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActt < 1:4065019/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActtc > 2:4347631/1‑93 (MQ=255) cATGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACActtct > 2:3931273/1‑93 (MQ=255) tGATAAGACGCGACTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACttcttc > 2:4871457/1‑93 (MQ=255) 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aCTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGAct > 2:2000204/1‑93 (MQ=255) cTATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTAATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActc < 2:4663631/93‑1 (MQ=255) tATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActcc > 2:3302065/1‑93 (MQ=255) tATCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActcc < 2:2854304/93‑1 (MQ=255) aTCATTCATTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActccc < 1:3305591/93‑1 (MQ=255) tcattcatTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActcccc > 2:3963722/1‑93 (MQ=255) tcattcatTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActcccc < 2:4196550/93‑1 (MQ=255) tcattcatTGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGActcccc < 2:6494774/93‑1 (MQ=255) 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ttGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCg < 1:4399470/93‑1 (MQ=255) ttGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCg < 2:4515551/93‑1 (MQ=255) tGCAGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCgg > 1:3678747/1‑93 (MQ=255) aGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAAc < 1:5009740/93‑1 (MQ=255) aGGCATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAAc > 2:5943035/1‑93 (MQ=255) cATTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAg < 2:5535437/93‑1 (MQ=255) aTTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGc > 2:2261209/1‑93 (MQ=255) aTTAGCACACCAGGCCGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGc > 1:1628109/1‑93 (MQ=255) 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ggCCGGATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGa > 1:3353791/1‑93 (MQ=255) ccGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGaaa < 1:1010368/93‑1 (MQ=255) cGGATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGaaaa > 2:3696267/1‑93 (MQ=255) ggATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAg < 2:3587520/93‑1 (MQ=255) gATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAGc > 1:6427715/1‑93 (MQ=255) gATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAGc < 1:1494012/93‑1 (MQ=255) gATGTGATTCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAGc > 1:3088506/1‑93 (MQ=255) gATGTGATCCGGCCTGATGTTAATGATACCCTTTCACACTTCTTCCGCAGAACGACTCCCCTCCCCCGGAACAAGCTCGGTTTCATGAAAAGc > 1:5961320/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |