Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,002,916 | C→T | D101D (GAC→GAT) | b0943 → | putative fimbrial‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,002,916 | 0 | C | T | 86.5% | 662.3 / 71.9 | 229 | D101D (GAC→GAT) | b0943 | putative fimbrial‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/11); new base T (107/91); total (127/102) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.54e-01 |
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCAATTGCG > NC_000913/1002826‑1003006 | gCTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGt > 1:62583/1‑93 (MQ=255) cTGACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTc > 2:6263883/1‑93 (MQ=255) gACACGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAc > 1:4076677/1‑93 (MQ=255) acacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCAcc < 2:6079880/93‑1 (MQ=255) acacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCAcc < 2:6029641/93‑1 (MQ=255) cacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCt < 1:1542488/93‑1 (MQ=255) cacGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCt > 2:2929321/1‑93 (MQ=255) cGTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCttt < 2:1573096/93‑1 (MQ=255) gTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCtttt < 1:5276160/93‑1 (MQ=255) gTTTTTCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCtttt < 1:4270464/93‑1 (MQ=255) tttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTc > 2:782031/1‑93 (MQ=255) tttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTc < 1:6933/93‑1 (MQ=255) ttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCa > 2:2163402/1‑93 (MQ=255) ttttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCa > 1:4436371/1‑93 (MQ=255) tttCTCATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAg > 2:5495727/1‑93 (MQ=255) tcATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAc < 2:3243707/93‑1 (MQ=255) tcATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAc > 2:3420518/1‑93 (MQ=255) gcATGGGAATGATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGCAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCTCCTTTTCAGGAAc < 1:460571/92‑1 (MQ=255) cATGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAcc < 2:1248369/93‑1 (MQ=255) aTGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccc > 2:4935751/1‑93 (MQ=255) aTGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccc < 1:2642509/93‑1 (MQ=255) tGGGAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAcccc > 2:2258666/1‑93 (MQ=255) gggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAAccccc < 2:2845908/93‑1 (MQ=255) ggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCg > 2:6308698/1‑93 (MQ=255) ggAATTATGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCg < 1:5032277/93‑1 (MQ=255) tGGCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGCCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGt < 2:4662986/93‑1 (MQ=255) tgCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTg < 2:6252050/92‑1 (MQ=255) gCCCGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGc < 1:5712204/93‑1 (MQ=255) cccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCa < 1:1371580/93‑1 (MQ=255) cccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCa < 2:2192986/93‑1 (MQ=255) ccGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCag < 2:5676869/93‑1 (MQ=255) cGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga < 2:6142375/93‑1 (MQ=255) cGGAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCaga > 1:2708219/1‑93 (MQ=255) ggAGAAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCagag > 2:4354008/1‑93 (MQ=255) gagaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGc > 2:3543947/1‑93 (MQ=255) agaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCg > 1:3314855/1‑93 (MQ=255) gaAATCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGa > 1:2014385/1‑93 (MQ=255) aaaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGaa > 1:6352340/1‑93 (MQ=255) aaTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGATGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGAGCAGAGCGaaa > 2:2635234/1‑93 (MQ=255) aTCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAt > 1:610193/1‑93 (MQ=255) tCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACTCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtg > 2:2667208/1‑93 (MQ=255) tCTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtg > 2:4565633/1‑93 (MQ=255) cTTTCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgt > 1:3887823/1‑93 (MQ=255) tttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgtt > 1:4472955/1‑93 (MQ=255) ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttg > 2:3878291/1‑93 (MQ=255) ttCATCATTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttg < 1:6396500/93‑1 (MQ=255) tcatcaTTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAAtgttgt > 2:5299321/1‑93 (MQ=255) catcatTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTc > 1:1272867/1‑93 (MQ=255) atcatTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTcc > 1:658560/1‑93 (MQ=255) catTAATTTGCAGGATTGTTGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt < 2:934541/93‑1 (MQ=255) catTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt < 2:1768656/93‑1 (MQ=255) catTAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCAt > 2:3381278/1‑93 (MQ=255) ttAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGACATGTTGTCCATTg > 2:4753725/1‑93 (MQ=255) tAATTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGa > 1:2501207/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaa > 1:2431375/1‑93 (MQ=255) aaTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaa > 1:3450341/1‑93 (MQ=255) aTTTGCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGaaa < 1:4377569/93‑1 (MQ=255) gCAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTgg > 1:2929084/1‑93 (MQ=255) cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 2:6603622/1‑93 (MQ=255) cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 2:5706526/1‑93 (MQ=255) cAGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGt > 1:397608/1‑93 (MQ=255) aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 2:3579060/1‑93 (MQ=255) aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 2:2901540/1‑93 (MQ=255) aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa < 1:5605890/93‑1 (MQ=255) aGGATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTa > 1:5855914/1‑93 (MQ=255) ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc > 1:6180516/1‑93 (MQ=255) ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc < 2:5896999/93‑1 (MQ=255) ggATTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTAc < 2:4161553/93‑1 (MQ=255) aTTGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACgg > 1:3581289/1‑93 (MQ=255) ttGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGa < 2:5236247/93‑1 (MQ=255) ttGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGa > 1:1077088/1‑93 (MQ=255) tGCGGAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGAt > 2:693234/1‑93 (MQ=255) ggAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGca > 2:3920788/1‑93 (MQ=255) ggAACAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGca > 2:4989092/1‑93 (MQ=255) gAACAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcag > 1:794172/1‑93 (MQ=255) aaCAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagc < 1:6480432/93‑1 (MQ=255) aaCAGATGTCAGCACGGTTGACGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagc > 1:4935985/1‑93 (MQ=255) aCAGATGTCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGcagcc > 1:2233509/1‑93 (MQ=255) 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tCAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGc < 1:4195058/93‑1 (MQ=255) cAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTGCGGATGCAGCCAGCGGGCt < 1:987801/93‑1 (MQ=255) cAGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCt < 1:5454979/93‑1 (MQ=255) aGCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTg > 1:4749570/1‑93 (MQ=255) gCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGACCCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTgg < 2:1340224/93‑1 (MQ=255) gCACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTgg < 1:2108658/93‑1 (MQ=255) cACGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGc > 2:1442199/1‑93 (MQ=255) aCGGTTGATGTCACCTTTTCAGGAACCCCCGACGGAGTGCAGAGCGAAATGTTGTCCATTGAAAGTGGTACGGATGCAGCCAGCGGGCTGGCa > 1:6636397/1‑93 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |