| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,237,247 | +C | intergenic (+60/‑337) | ygjT → / → ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.7% | 1106.1 / ‑3.8 | 299 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (242/56); total (243/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.49e-01 | |||||||||||
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑C‑CTCT‑C‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGA > NC_000913/3237153‑3237335 | aaTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑cct > 1:9932373/1‑94 (MQ=255) aaTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGGGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑cct > 1:3629863/1‑94 (MQ=255) aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑cctt > 1:3575364/1‑93 (MQ=255) aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑cctt > 2:1489466/1‑93 (MQ=255) aTTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑cctt > 1:5497178/1‑93 (MQ=255) ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctcc‑ctct‑c‑ccttc < 2:7468834/96‑5 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCCGGGTGGATAATTTTTAATCTGACTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCa < 2:5727144/96‑1 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAg > 2:5329474/1‑96 (MQ=255) cGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAgg > 1:11741609/1‑96 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAggg < 2:11868152/96‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAggg > 2:6291020/1‑96 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAggg < 2:755008/96‑1 (MQ=255) ggCATGATAAGCAGCGGGGCGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAggg > 2:13600533/1‑96 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGga < 1:8137144/96‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGga > 2:6794763/1‑96 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGATTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGga > 1:12540179/1‑96 (MQ=255) cATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGgag > 1:4007309/1‑96 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGgaga > 1:13982061/1‑96 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGagag < 1:5692265/96‑1 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCT‑CAC‑TTCCAGGGagag > 2:3312504/1‑96 (MQ=255) gATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGagagt < 1:11441608/96‑2 (MQ=255) gtAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAggg > 1:919028/2‑96 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCCCCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGt < 2:1212472/96‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGCGGGt > 1:3879047/1‑96 (MQ=255) aaGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTc < 2:4051082/96‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑g < 2:8149942/96‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CGCTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑g > 2:3614976/1‑96 (MQ=255) caggGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑gag < 1:9018935/96‑3 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg > 1:3000301/1‑96 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg > 1:168879/1‑96 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg > 1:1546452/1‑96 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg < 1:9586873/96‑1 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg > 1:12124056/1‑96 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑ggg < 2:8225428/96‑1 (MQ=255) cagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑gcg < 1:13008483/96‑3 (MQ=255) agcGTGGTGGATACTTTTAAATCTGCCTAAGCCGTGTACTCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑gggg > 1:10152136/1‑96 (MQ=255) agcGGGGTGCATAATTTTTAATCTGCCTACGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTCCTCC‑CTCTCC‑C‑TGCCAGGGAGAGGGTC‑gggg < 1:11905508/96‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGTGAGAGGGTC‑GTGGt > 2:2087077/1‑96 (MQ=255) ccgggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTg > 1:10643848/3‑96 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGa > 2:2231776/1‑96 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGa > 2:7119232/1‑96 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGACTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCT‑C‑CATTCCAGGGAGAGGGCC‑GGGGTGa > 1:1106967/1‑96 (MQ=38) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAg < 2:4980508/96‑1 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAgg > 1:4245143/1‑96 (MQ=39) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAgg > 1:1320737/1‑96 (MQ=39) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGt > 2:1681899/1‑96 (MQ=39) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTa > 2:2585079/1‑96 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTaa > 2:10715922/1‑96 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTaa > 2:5863935/1‑96 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTaa > 1:13314272/1‑96 (MQ=39) gATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGGC‑GGGGTGAGGGTaa > 1:2890701/1‑96 (MQ=38) aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAAt > 1:7727827/1‑96 (MQ=38) tAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAAtt > 2:13332533/1‑96 (MQ=39) aaTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAAttt > 1:5993808/1‑96 (MQ=39) aTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGGGGGGTAAttt > 2:9774314/1‑96 (MQ=255) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAAttttt > 2:2937805/1‑96 (MQ=39) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGCAAttttt > 2:9625897/1‑96 (MQ=38) ttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTc > 2:11474563/1‑96 (MQ=39) ttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGc > 2:13846118/1‑96 (MQ=38) tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 2:10202598/1‑96 (MQ=38) aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:5230512/1‑96 (MQ=38) aaTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc > 2:6691622/1‑96 (MQ=38) accTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGGC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:14248572/3‑96 (MQ=37) aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 2:6083396/1‑96 (MQ=38) aTCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGGTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GTGGGGAGGGTAATTTTTCGGAcc > 1:4635734/1‑96 (MQ=255) cTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGa > 2:14230103/1‑96 (MQ=38) gCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATg > 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tAACATGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCC‑CCCTaa > 1:2177515/1‑96 (MQ=21) aTGAGCACCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCct > 2:10487097/1‑96 (MQ=21) aCCGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTcccc > 1:8877557/1‑96 (MQ=18) acGTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCa > 1:13754355/2‑96 (MQ=18) gTTTTCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGGTCCCCTCA‑CGCTAACCCTCTCCCCaaa > 1:6567504/1‑96 (MQ=17) ttttCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTACCCCCC‑CCCCCTCCCCCTCCCCcaaa > 1:680229/1‑95 (MQ=12) tttCTCC‑CTCTCC‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCAAACg > 1:6332395/1‑96 (MQ=17) tctcc‑ctctcc‑c‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCCCA‑CCCTCACCCCCTCCCCCAACcgg > 1:5321106/5‑96 (MQ=17) tcc‑ctctcc‑c‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTTCCCCCACCCCTACCCCCCCCCCCAACCgggg > 1:7378545/3‑96 (MQ=18) tcc‑ctctcc‑c‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCCAACCGGGc > 2:5656706/3‑96 (MQ=18) c‑ctctcc‑c‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCAAACCGGGCGa > 2:8625742/1‑96 (MQ=255) | TGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑C‑CTCT‑C‑C‑TTCCAGGGAGAGGGTC‑GGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCA‑CCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGA > NC_000913/3237153‑3237335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |