| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,166 | +C | coding (35/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 99.6% | 919.7 / ‑4.0 | 269 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (34/234); total (34/235) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 363 total aligned reads displayed.
GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248 | gatacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 2:2817123/90‑1 (MQ=255)gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 2:2660285/93‑1 (MQ=255)gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:8248852/93‑1 (MQ=255)gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:2735244/93‑1 (MQ=255)gagaCAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑g < 1:6895114/93‑1 (MQ=255) agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 2:315002/93‑2 (MQ=255) agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 2:5572841/93‑2 (MQ=255) agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gc < 1:4714473/93‑2 (MQ=255) agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑‑g‑‑g‑g > 1:2877354/1‑93 (MQ=255) agacagacACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGGGCGCTGT‑‑g‑‑g‑g > 2:331272/1‑93 (MQ=255) gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcg > 1:7053797/1‑91 (MQ=255) gacagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCG‑CACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGATCGTGCGCTGT‑‑t‑‑g‑ggc > 2:2942462/1‑91 (MQ=255) acagacaCTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑g‑‑gcgc < 2:2103965/93‑4 (MQ=255) ggAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGaa < 1:1992833/93‑1 (MQ=255) gAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAAt < 2:8414575/93‑1 (MQ=255) aGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATg < 2:397674/93‑1 (MQ=255) gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGa < 1:2399783/93‑1 (MQ=255) gTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGa < 1:5228743/93‑1 (MQ=255) aaataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:7775358/93‑1 (MQ=255) ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCTCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:7117475/93‑1 (MQ=255) ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:6646062/93‑1 (MQ=255) ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:8442327/93‑1 (MQ=255) taaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGAc < 2:1140186/93‑1 (MQ=255) aaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACg < 2:7364838/93‑1 (MQ=255) aGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 1:3811289/93‑1 (MQ=255) tATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:1922482/93‑1 (MQ=255) tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 1:4820114/93‑1 (MQ=255) tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 2:6979685/93‑1 (MQ=255) tGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑tt < 1:5270865/93‑1 (MQ=255) gCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑ttt < 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aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGGGCTGT‑‑G‑‑G‑GG‑CGGCACCGGGAAGACCGACCCCGA‑CTTTggg > 1:346644/1‑92 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTa < 2:8303400/93‑1 (MQ=255) ntNCCCTNCCGCCACCACCACNCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTaa < 1:7606667/92‑1 (MQ=255) gTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTaa < 2:4153886/93‑1 (MQ=255) tACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGGCGTGT‑‑GGCG‑GG‑C‑‑CCCCGGAAAGAACGACCCCGAGTTTGGGTag > 2:5165962/1‑92 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 2:5106478/93‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 2:3841913/93‑1 (MQ=255) aCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGc < 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caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACCCCGA‑TTTTGGTGAGCCGCTTATcgc > 2:2362423/1‑93 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 1:889325/93‑1 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:745209/93‑1 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:6524928/93‑1 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGGATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTGAGCCCATTATcgg > 2:1195495/1‑92 (MQ=255) cccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:441447/92‑1 (MQ=255) ccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGTG‑G‑‑G‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACAGCCACCCG‑CTTCGGTAAGCCCGTTTTCGCGCTtg > 2:6249479/1‑93 (MQ=255) cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 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tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAc < 1:8170906/93‑1 (MQ=255) aaTATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAcc < 1:4936686/93‑1 (MQ=255) aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGAATGACCGACGCCCA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGAATCGTTCAcc > 2:2539101/1‑93 (MQ=255) aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCCGAATGACCGACCCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGTGTGAACTCGTTCAcc > 2:4326918/1‑93 (MQ=255) atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:6473792/93‑1 (MQ=255) atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:3057480/93‑1 (MQ=255) atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc < 1:2510092/93‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAAt < 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gTGCGCTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTc < 1:4517674/93‑1 (MQ=255) gcgcTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 2:1867945/1‑93 (MQ=255) gcgcTGT‑‑G‑‑GCGCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCACGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAc > 1:7938891/1‑93 (MQ=255) | GAGACAGACACTGGGAGTAAATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑‑G‑‑G‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGA‑TTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCCAATTTGTACCGGGTCAC > NC_000913/3951074‑3951248 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |