| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,237,247 | +C | intergenic (+60/‑337) | ygjT → / → ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,237,245 | 1 | . | C | 99.2% | 404.2 / ‑3.4 | 120 | intergenic (+58/‑339) | ygjT/ygjU | putative transport protein/putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (83/36); total (84/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
ATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCT‑CCTCT‑C‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGG > NC_000913/3237156‑3237332 | ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cc < 2:4602558/93‑2 (MQ=255) ttATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cc < 1:3960177/93‑2 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cctt > 1:1006741/1‑90 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑cctt > 1:1626104/1‑90 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑ccttc < 2:298368/93‑5 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑ccttc < 2:3570012/93‑5 (MQ=255) tCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTctccctct‑c‑ccttc < 2:3628059/93‑5 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAg > 1:1521396/1‑93 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAg < 2:5908106/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAg < 1:4214941/93‑1 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAg > 2:4766934/1‑93 (MQ=255) gCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAg > 2:4012672/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 2:3457148/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg < 2:5668104/93‑1 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 1:3166999/1‑93 (MQ=255) aTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAggg > 2:1369306/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCATGga > 2:5693949/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 2:2354666/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 1:6338043/1‑93 (MQ=255) tGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGga > 2:5472512/1‑93 (MQ=255) aTAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGgaga < 1:3821788/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 1:338584/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:1542325/93‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag > 1:1809139/1‑93 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGagag < 2:2595389/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTACTCTGCCTAAGCCGTGTACCCGGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg < 2:872577/93‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg > 1:3674852/1‑93 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAggg > 1:495063/1‑93 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 1:1709522/1‑93 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 1:835026/93‑1 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt > 2:2369892/1‑93 (MQ=255) gcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGt < 1:3558374/93‑1 (MQ=255) cggcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTc < 2:2596970/91‑1 (MQ=255) agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCg < 2:3600959/93‑1 (MQ=255) agcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCT‑CACTTCCAGGGAGAGGGTCg > 1:2079567/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:3209272/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 2:6451086/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 2:1892770/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:1092385/1‑93 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg < 1:6300006/93‑1 (MQ=255) gcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgg > 1:1746843/1‑93 (MQ=255) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCggg < 1:720092/93‑1 (MQ=255) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCggg > 2:4437917/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:4902908/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:4364536/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 2:3831946/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 1:2567107/1‑93 (MQ=255) ggggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCgggg > 2:4214712/1‑93 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGt < 2:506478/93‑1 (MQ=255) ggTGGATATTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCCCCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTg < 1:4705968/93‑1 (MQ=255) ggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTg < 1:1408103/93‑1 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 2:6185531/1‑93 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa < 2:3148480/93‑1 (MQ=255) tgaaTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg < 2:3570243/90‑1 (MQ=255) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAg < 1:666071/93‑1 (MQ=255) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:3237825/1‑93 (MQ=39) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGGGAgg > 2:924492/1‑93 (MQ=255) tttttAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAAtt > 2:2639594/1‑93 (MQ=38) tAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTc > 1:5812203/1‑93 (MQ=38) tCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCa > 1:509812/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAcc > 1:6183895/1‑93 (MQ=38) tGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGCAATTTTTCGCAcc > 2:1918142/1‑93 (MQ=38) 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ttAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTTAcc > 2:1913268/1‑93 (MQ=21) aTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAAc > 2:906692/1‑93 (MQ=21) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGGGTGTCGGGTTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAAccc < 1:6062909/93‑1 (MQ=18) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCtcaccctcaccc > 2:6182086/1‑93 (MQ=21) aCCGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCtctc > 2:6074433/1‑93 (MQ=18) ccGTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCCCCCCCCAACCCTCTcc > 2:6073646/1‑93 (MQ=18) gTTTTCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTcccc > 2:1105308/1‑93 (MQ=18) ttttCTCCCTCTCC‑CTTCCAGGGAGAGGGACGGGGAGAGGGAAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTG‑TTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCa > 1:1652487/1‑93 (MQ=17) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |