| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,219,147 | T→C | H288R (CAC→CGC) | bglX ← | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,219,147 | 0 | T | C | 99.6% | 783.9 / ‑4.5 | 228 | H288R (CAC→CGC) | bglX | beta‑D‑glucoside glucohydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (98/129); total (99/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
CTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTC > NC_000913/2219057‑2219236 | ctcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGa < 1:584344/93‑1 (MQ=255)ctcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGa < 2:5695102/93‑1 (MQ=255) tcatgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCCCCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGAt < 1:3157108/93‑1 (MQ=255) catgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATc < 1:6160125/93‑1 (MQ=255) atgTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCg < 1:3760802/93‑1 (MQ=255) gTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGa < 2:517984/93‑1 (MQ=255) gTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGa > 1:6253861/1‑93 (MQ=255) tGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaaa < 1:844800/93‑1 (MQ=255) tGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGaaa < 1:5676096/93‑1 (MQ=255) gATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAAc < 2:3502535/93‑1 (MQ=255) aTTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACg < 1:2644907/93‑1 (MQ=255) aTTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACg < 2:3161700/93‑1 (MQ=255) ttCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACgg > 1:2017553/1‑93 (MQ=255) tCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGt > 1:4855611/1‑93 (MQ=255) 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cACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGcc > 1:3867088/1‑93 (MQ=255) aCGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGccc > 2:3277633/1‑93 (MQ=255) aCGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGATCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGccc > 1:5489900/1‑93 (MQ=255) gcgcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCa > 2:1767175/1‑93 (MQ=255) cgcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCAc < 2:5293126/93‑1 (MQ=255) cgcACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCAc < 2:1032235/93‑1 (MQ=255) cACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTg > 2:3648779/1‑93 (MQ=255) cACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTg > 1:2679760/1‑93 (MQ=255) 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cTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCa < 1:5002686/93‑1 (MQ=255) cTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCa < 1:6041413/93‑1 (MQ=255) cGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCACACTGGTCGCGCAGAAc > 1:1071093/1‑93 (MQ=255) ggTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACAt < 1:5723136/93‑1 (MQ=255) gTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATc < 2:3870713/93‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCtt < 1:6461102/93‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCtt < 1:60098/93‑1 (MQ=255) cTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCtt < 2:6452964/93‑1 (MQ=255) tGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCttt > 2:2654061/1‑93 (MQ=255) gccgccGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTc < 1:1852941/93‑1 (MQ=255) cgccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcag > 1:4457984/1‑93 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc < 2:1395795/93‑1 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc < 2:4578978/93‑1 (MQ=255) gccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagc > 1:1628947/1‑93 (MQ=255) ccgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagca > 2:6046492/1‑93 (MQ=255) cgTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGCGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTcagcag < 2:4413702/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |