| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,796,565 | T→C | intergenic (‑49/‑620) | stpA ← / → b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,796,565 | 0 | T | C | 99.3% | 524.4 / ‑4.4 | 152 | intergenic (‑49/‑620) | stpA/b2670 | StpA/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (60/90); total (61/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GAGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGTCGCGTAGTGTAAGCGATCACTTATTATATTTCCACAAAATTTAATCTATTTACAGTCCTGCGCGAGATTATTTCAGCTGTTATTTTCTGAAACT > NC_000913/2796475‑2796654 | gAGGGTGCGAATGTTATTTAATCTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAGCCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAATTATTTCGCCGCGCAg < 1:2453693/93‑1 (MQ=255) aGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgt > 1:2508724/1‑93 (MQ=255) aGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgt < 1:218923/93‑1 (MQ=255) aGGGTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgt < 1:20642/93‑1 (MQ=255) ggTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAgtgt < 1:4448423/93‑1 (MQ=255) gTGCGAATGTTATTTAAACTTTGTAACATTACGGACATAATAAAGAAAACCTTTTAACGCCAAAACAAAAAAAGTATTTCGCCGCGCAGTGTa < 1:2896275/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |