| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,469,235 | A→G | R639R (CGT→CGC) | fusA ← | GTP‑binding protein chain elongation factor EF‑G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,469,235 | 0 | A | G | 99.6% | 815.8 / NA | 233 | R639R (CGT→CGC) | fusA | GTP‑binding protein chain elongation factor EF‑G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (121/111); minor base T (0/1); total (121/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
TGAGTTGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCACGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGTTCTCTTCCGGAGTTTCTACTTCAACCTTCATGATCGGCTCAAGCAGAACTGG > NC_000913/3469146‑3469324 | gAGTTGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCgcgac < 1:5886162/93‑1 (MQ=255) aGTTGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCgcgacg > 2:2062543/1‑93 (MQ=255) gTTGCGTATCCTAACATTTCAGACAGCGGTACTTCATCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCgcgacga < 1:5337919/93‑1 (MQ=255) ttGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCgcgacgac > 1:5705481/1‑93 (MQ=255) ttGCGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCgcgacgac < 2:381038/93‑1 (MQ=255) cGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCTCGACGACGGc < 2:6140075/93‑1 (MQ=255) cGTATCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGc < 2:94487/93‑1 (MQ=255) aTCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCa < 2:1914380/93‑1 (MQ=255) tCCGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCaa > 1:3669069/1‑93 (MQ=255) cGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGt > 2:6111378/1‑93 (MQ=255) cGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGt > 1:4675146/1‑93 (MQ=255) cGAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGt > 2:1779961/1‑93 (MQ=255) gAACATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTc > 1:4832293/1‑93 (MQ=255) aaCATTTCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCa < 1:5249028/93‑1 (MQ=255) ttCAGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGAt < 2:3625724/93‑1 (MQ=255) aGACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAAc < 1:6392415/93‑1 (MQ=255) gACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACg > 1:1449569/1‑93 (MQ=255) gACAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACg > 1:5233589/1‑93 (MQ=255) cAGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTc > 1:5463429/1‑93 (MQ=255) aGCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCa > 1:5310449/1‑93 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTTGATCTTAGCGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc < 1:3249592/93‑1 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc < 2:5034736/93‑1 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc < 2:1401404/93‑1 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc > 1:5116395/1‑93 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc < 2:1794338/93‑1 (MQ=255) gCGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAc < 2:3780017/93‑1 (MQ=255) cGGTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCAcc < 1:3577849/93‑1 (MQ=255) gTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCgg > 2:2244779/1‑93 (MQ=255) gTACTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCgg > 1:2633452/1‑93 (MQ=255) aCTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGgtg > 1:2121965/1‑93 (MQ=255) cTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGgtgt > 1:4309998/1‑93 (MQ=255) cTTCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGgtgt < 1:3177112/93‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGtt < 1:1392185/93‑1 (MQ=255) ttCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGtt < 2:5949461/93‑1 (MQ=255) tCAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGTtc > 2:2987606/1‑93 (MQ=255) cAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGTtct > 1:5074745/1‑93 (MQ=255) cAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGTtct > 2:5559360/1‑93 (MQ=255) cAGCGTGGATCTTAACGCCAGTAACTTCAGATTCCTGACCTTTGAGCATACCGCGACGACGGCTCAAGTCACCGATAACGTCACCGGTGTtct < 2:5838869/93‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |