| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 692,784 | G→A | 24.8% | A248T (GCT→ACT) | SAS0613 → | ferrichrome transport permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 692,784 | 0 | G | A | 24.8% | 66.4 / 22.6 | 32 | A248T (GCT→ACT) | SAS0613 | ferrichrome transport permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/18); new base A (5/3); total (11/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.77e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGTAAACAACTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTAATTGGAACT > BX571857/692690‑692879 | tAGTAAACAACTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCt < 1:119698/97‑1 (MQ=255) aGTAAACAACTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTa > 1:200139/1‑97 (MQ=255) aacaacTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGAt < 2:126449/97‑1 (MQ=255) acaacTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGAtt > 2:241253/1‑97 (MQ=255) caacTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTc > 1:328236/1‑97 (MQ=255) cTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGTATATGTTTAATTATTACTATGTTTCTAg > 2:71138/1‑97 (MQ=255) cTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAg < 2:263054/97‑1 (MQ=255) ttACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGc > 2:381022/1‑97 (MQ=255) tACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCa < 1:253810/97‑1 (MQ=255) aCCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAg > 2:95139/1‑97 (MQ=255) aaaTCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCa < 1:206723/97‑1 (MQ=255) aaTCTTGGGGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAg < 2:296214/97‑1 (MQ=255) tCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGtt > 1:316368/1‑97 (MQ=255) tAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACa < 1:271672/97‑1 (MQ=255) tAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGtt < 1:148284/97‑1 (MQ=255) aaaGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTg < 2:180636/97‑1 (MQ=255) ggTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCAt < 1:228209/97‑1 (MQ=255) ggTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCAt > 1:354021/1‑97 (MQ=255) ggTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAg < 2:17302/97‑1 (MQ=255) ggTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAg < 1:124887/97‑1 (MQ=255) gTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAgg < 1:294548/97‑1 (MQ=255) aaaaTGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGttt > 1:141390/1‑97 (MQ=255) tGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATg > 2:45859/1‑97 (MQ=255) aaTGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCt < 1:113326/97‑1 (MQ=255) tGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCa < 2:101994/97‑1 (MQ=255) gATCAGAGGCATATGTTTAATTATTACTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCat < 1:152671/97‑1 (MQ=255) ggCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCaa > 2:328684/1‑97 (MQ=255) cATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGa < 1:283285/97‑1 (MQ=255) tttAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTa < 1:181738/97‑1 (MQ=255) tattGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTAATTGGa < 1:326006/97‑1 (MQ=255) tGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTAATTGGAACt < 1:142662/97‑1 (MQ=255) tGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTAATTGGAACt < 1:142543/97‑1 (MQ=255) | TAGTAAACAACTTACCATTTTAAATCTTGGTGAATCATTAGCTAAAGGTTTAGGTCAAAATGTAACAATGATCAGAGGCATATGTTTAATTATTGCTATGATTCTAGCAGGTATTGCAGTTGCTATCGCTGGACAAGTTGCATTTGTAGGTTTGATGGTACCTCATATAGCAAGATTTTTAATTGGAACT > BX571857/692690‑692879 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |