| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | BX571857 | 980997 = | NA (NA) | 30 (0.200) | 25/120 | NT | NA | noncoding (1/27 nt) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) | Repeat flanking prophage phiSa4(476) |
| ? | BX571857 | = 1025750 | NA (NA) | intergenic (+519/‑57) | SAS0954/SAS0955 | amidase/putative protease | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAAA > BX571857/980901‑981094 | acacgagtggaaaatatttaaagttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccAtt < 2:89556‑M1/3‑1 (MQ=255) gaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAg < 2:1833473/98‑1 (MQ=255) gaaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAg > 2:298666/1‑98 (MQ=255) acgtgtggataatatttaaagttaaagtgataagagctttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAg > 1:1103144‑M1/94‑98 (MQ=255) aaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAgg > 1:2442299/1‑98 (MQ=255) aaTGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTACTAAGTAAATGTGCCTTTTATCTCTAGCATCTTTTCAATAGAAATTATAAAGATTTTAAAGCAAATTAgg > 2:1925483/1‑98 (MQ=255) 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(MQ=255) agttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATg > 2:823151‑M1/75‑98 (MQ=255) agttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATg < 1:3381828‑M1/24‑1 (MQ=255) gttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa < 1:2101781‑M1/25‑1 (MQ=255) gATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGa > 1:2324932/1‑98 (MQ=255) ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt < 1:3116199‑M1/26‑1 (MQ=255) ttaaagtgataaaaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGAt > 2:3091741‑M1/73‑98 (MQ=255) taaggtgataaaagctttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATa > 2:2401387‑M1/72‑98 (MQ=255) 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1:3217675‑M1/35‑1 (MQ=255) tAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAAc < 2:2887996/98‑1 (MQ=255) gAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGcc < 2:1004238/98‑1 (MQ=255) aaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGcc > 1:2810567‑M1/61‑98 (MQ=255) aaactttgatattacagcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGcc > 1:301903‑M1/61‑98 (MQ=255) aaaTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCtt > 2:2171953/1‑98 (MQ=255) aaaTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCtt > 2:196506/1‑98 (MQ=255) aaTGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTa < 2:1474262/98‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAgtg > 1:611812/1‑98 (MQ=255) atatTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGttt > 1:977580/1‑98 (MQ=255) agcgtttttaaacgttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGttt > 1:2412271‑M1/46‑98 (MQ=255) tttAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCa > 1:731574/1‑98 (MQ=255) ttAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCaa < 1:2964908/98‑1 (MQ=255) ttAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCaa > 2:2423937/1‑98 (MQ=255) gCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGgt > 1:1867597/1‑98 (MQ=255) cATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGgtg > 1:2055303/1‑98 (MQ=255) tttttCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTc < 1:47345/98‑1 (MQ=255) gttcgtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTGTCAAGGTGTTCAg > 2:436293‑M1/33‑98 (MQ=255) ttCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGa < 1:2694884/98‑1 (MQ=255) gtgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAAtg > 1:1995465‑M1/29‑98 (MQ=255) tgtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAAtgt > 2:3341850‑M1/28‑98 (MQ=255) tAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAAtgtg > 2:934378/1‑98 (MQ=255) gtacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAAtgtg > 1:464219‑M1/27‑98 (MQ=255) tacgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATgtgt > 2:2949229‑M1/26‑98 (MQ=255) aGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATgtgt > 2:67776/1‑98 (MQ=255) aGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATgtgt > 2:2270420/1‑98 (MQ=255) gAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGtt < 1:2276644/98‑1 (MQ=255) cgtttgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTg < 2:3205393‑M1/75‑1 (MQ=255) aTTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCa > 1:1339550/1‑98 (MQ=255) tgagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAg > 1:1503006‑M1/20‑98 (MQ=255) gagaatggccgttttaccATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAgg < 2:2097819‑M1/80‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATaaaaa > 1:2750473‑M1/1‑98 (MQ=255) ATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATaaaaa > 1:1242141‑M1/1‑98 (MQ=255) | GAAGAATGTGAATCAAAAGATGCGATATAGTATTAAGAAAATGTGCCTTTTATATTTAGCATTTTTTCAATAGAAATTATATAGATTTTAAAGCAAATTAGGTGTTAATGTGTCATAATGATACAGATAACGCCTTAATTACAGTGTTTTCAAGGTGTTCAGAATGTGTTGCAAGGTAAAAAAGGGCATAAAAA > BX571857/980901‑981094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |