| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 2,338,045 | G→C | 10.4% | R229P (CGT→CCT) | SAS2184 → | urease accessory protein UreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 2,338,045 | 0 | G | C | 10.4% | 892.0 / 84.0 | 222 | R229P (CGT→CCT) | SAS2184 | urease accessory protein UreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/106); new base C (8/15); total (101/121) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TACGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGCACACAAATTATAGAGAAAATACTTGGAATCATCCAAAG > BX571857/2337948‑2338141 | tACGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCg > 2:3557011/1‑98 (MQ=255)tACGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCg > 2:899489/1‑98 (MQ=255)tACGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCg > 1:2497444/1‑98 (MQ=255) aCGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCgt < 1:1944244/98‑1 (MQ=255) cGGCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCgtg < 1:1306609/98‑1 (MQ=255) gCTCTGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGtt < 2:1178722/98‑1 (MQ=255) ctctGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTg < 2:2068710/98‑1 (MQ=255) ccctGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTg > 2:3164615/3‑98 (MQ=255) ctGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCt < 1:2366198/98‑1 (MQ=255) ctGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCt > 1:1103435/1‑98 (MQ=255) tGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTa < 1:1497506/98‑1 (MQ=255) tGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTa < 1:921218/98‑1 (MQ=255) tGCTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTa > 2:2568302/1‑98 (MQ=255) gCTTACTTCATACATGAAGGTGTTAACCAGGGACTAATCGATTCAGTTGATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTAt < 2:1437626/98‑1 (MQ=255) cTTACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTAtt < 2:2870581/98‑1 (MQ=255) tACTTCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTtc > 1:1198828/1‑98 (MQ=255) ttCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCa < 2:3087431/98‑1 (MQ=255) tCATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCaa < 1:510693/98‑1 (MQ=255) cATACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAAt < 1:492905/98‑1 (MQ=255) aTACATGAAGATGTTAACCAAAGACTAATCGATTCAGGTTATGAATCCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTGCTCAAtt < 2:3479713/98‑1 (MQ=255) aTACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAAtt < 2:816359/98‑1 (MQ=255) tACATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCTATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTg < 1:2755158/98‑1 (MQ=255) aCATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGc > 1:3524442/1‑98 (MQ=255) aCATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGc > 1:395349/1‑98 (MQ=255) cATGAAGATGTTAACCGAGAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGcc < 1:1266943/98‑1 (MQ=255) cATGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGcc < 1:3385702/98‑1 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt > 2:2262856/1‑98 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt < 1:2112992/98‑1 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt > 1:3005438/1‑98 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt < 2:1045277/98‑1 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt < 1:982172/98‑1 (MQ=255) aTGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCt > 2:1750191/1‑98 (MQ=255) tGAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTa > 1:822269/1‑98 (MQ=255) gAAGATGTTCACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGACACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTac > 2:3209242/1‑98 (MQ=255) gAAGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTac < 1:220267/98‑1 (MQ=255) aGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTacac < 2:362453/98‑1 (MQ=255) aGATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTacac < 1:2463746/98‑1 (MQ=255) gATGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTAcaca < 1:2765076/98‑1 (MQ=255) aTGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACAt > 1:1030517/1‑98 (MQ=255) tGTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATg < 1:1063332/98‑1 (MQ=255) gTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCTATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATgg < 2:2957527/98‑1 (MQ=255) gTTAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATgg > 1:145876/1‑98 (MQ=255) gTTAACCAAAAACTAATCGAATCAGTTTATGAAACCTTTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTTTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATgg > 2:935961/1‑98 (MQ=255) tAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGtt < 1:424074/98‑1 (MQ=255) tAACCAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGtt < 2:2777910/98‑1 (MQ=255) ccAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTg < 1:933562/98‑1 (MQ=255) ccAAAAACTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTg < 1:1242910/98‑1 (MQ=255) aaaCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGt > 2:300191/1‑98 (MQ=255) aaCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGtt < 2:2084798/98‑1 (MQ=255) aaCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGtt > 1:860379/1‑98 (MQ=255) aaCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGtt < 1:1586025/98‑1 (MQ=255) aaCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGtt > 2:156425/1‑98 (MQ=255) aCTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTa > 1:78731/1‑98 (MQ=255) cTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAg > 1:3276726/1‑98 (MQ=255) cTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAg > 2:1214947/1‑98 (MQ=255) cTAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAg > 2:3393251/1‑98 (MQ=255) cTAATCGATTCAGTTTATGAAACCAATAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTATAAATTGCCTACACATGGAGTTGCAGTTAg > 2:232891/1‑98 (MQ=255) tAATCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGa < 1:1712598/98‑1 (MQ=255) aaTCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGaa > 2:2681982/1‑98 (MQ=255) aaTCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGaa < 2:2356123/98‑1 (MQ=255) aTCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAAt < 1:1670090/98‑1 (MQ=255) aTCGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAAt < 2:2648734/98‑1 (MQ=255) cGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTCCACATGGTTTTGCAGTTAGAAttt < 2:3281361/98‑1 (MQ=255) cGATTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCCTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAAttt < 1:3223419/98‑1 (MQ=255) aTTCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAAttttt < 1:3411945/98‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTg > 2:2461846/1‑98 (MQ=255) ttCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTg < 1:266642/98‑1 (MQ=255) ttCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTg > 1:2616377/1‑98 (MQ=255) tCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGc < 1:3469291/98‑1 (MQ=255) tCAGTTTATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGc < 1:2856904/98‑1 (MQ=255) tttATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTAt < 1:3026937/98‑1 (MQ=255) tttATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGGTGCTATTTCTCAATTGCCTACAAATAGTTTTTCAGTTAGAATCTTTGCTTAt > 2:788521/1‑98 (MQ=255) ttATGAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATc < 2:1670668/98‑1 (MQ=255) gAAACCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGcac < 1:2573077/98‑1 (MQ=255) aCCATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGcacaca > 1:1346177/1‑98 (MQ=255) cATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGCACACaaa < 1:3097167/98‑1 (MQ=255) cATTAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGCACACaaa < 2:458141/98‑1 (MQ=255) ttAGTTCTTATAGCAATACATTCGATTGTCGTGTTGCTATTTCTCAATTGCCTACACATGGTTTTGCAGTTAGAATTTTTGCTTATCGCACACAAAtt < 1:1462223/98‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |