| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 423,924 | G→A | 44.2% | intergenic (‑183/‑171) | SAS0378 ← / → SAS0379 | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 423,924 | 0 | G | A | 44.2% | 51.9 / 225.3 | 131 | intergenic (‑183/‑171) | SAS0378/SAS0379 | hypothetical protein/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/27); new base A (37/21); total (83/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TTTGTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTGTAATGTGAATTTTTAAAATTACAGTTTACATGTAACGTTGTGCAATATATTCTGTATATAGAAGTGTAAAAACACAATTGGGTTGGTAGTCCCAA > BX571857/423829‑424019 | tGTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTGTaa < 2:1894010/97‑1 (MQ=255) tGTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTATaa < 2:2082227/97‑1 (MQ=255) tGTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTATaa > 1:605887/1‑97 (MQ=255) gTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTATAAt < 1:479926/97‑1 (MQ=255) gTTTAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTATAAt > 1:2100335/1‑97 (MQ=255) tttAAAAGCATTATGCAATGCCAATCAACACTAATGGGGTGTAAGTATTTCCCTGTTAATATTTTATTAGCGTTATTTACATATACCTTCTATAAtg > 2:1784905/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |