| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | BX571857 | 1,434,367 | T→A | 10.3% | G144G (GGT→GGA) | SAS1338 → | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | BX571857 | 1,434,367 | 0 | T | A | 10.3% | 1182.0 / 38.2 | 311 | G144G (GGT→GGA) | SAS1338 | putative tetrahydrodipicolinate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/168); new base A (34/2); total (140/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.20e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
GTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGATTGAACCCCCTAGTGCATCACCGGTTATAATCGAGGATGATGTATTAATCGGT > BX571857/1434272‑1434463 | gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTa > 1:1113624/1‑97 (MQ=255)gTTATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACAACTGGTa > 2:1068933/1‑97 (MQ=255) tATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa < 1:991005/97‑1 (MQ=255) tATGATGGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaa > 1:733219/1‑97 (MQ=255) atgatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTaaaa > 1:1244539/1‑97 (MQ=255) gatgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACCACTGGTaaaaaa > 2:1999820/1‑96 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATg > 1:409237/1‑97 (MQ=255) atgGGCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTATAATTGGaaaaaaaa > 2:2512210/1‑95 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTa > 1:100585/1‑97 (MQ=255) gggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTa < 1:4207264/97‑1 (MQ=255) ggCGCAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTAc > 1:4354417/1‑97 (MQ=255) gcAACAATTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATg < 1:3667600/97‑1 (MQ=255) aacaaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTa < 1:2832123/97‑1 (MQ=255) aacaaTTAATATTGGCGCAGGCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACGCTCGGTGGTCGGGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTa < 2:4637993/97‑1 (MQ=255) aaTTAGTATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 2:2622447/97‑1 (MQ=255) aaTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAggg < 1:3235209/97‑1 (MQ=255) aTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAgggg > 1:2403658/1‑97 (MQ=255) aTTAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCACTAAAAAAAATATAAATGTAgggg > 2:2174809/1‑97 (MQ=255) tAATATTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCt > 1:1745097/1‑97 (MQ=255) tatTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACAACTGAAAAAAATGTACATGTAGGGGCTGgc > 2:1799195/1‑97 (MQ=255) atTGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGGTACCACTAGTAAAAAAATACATGTAGGGGCTGgcg > 2:3807487/1‑97 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGgcgc < 1:224622/97‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGgcgc < 1:4579134/97‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGgcgc < 1:1857677/97‑1 (MQ=255) ttGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGgcgc > 1:19720/1‑97 (MQ=255) tGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCa < 1:406720/97‑1 (MQ=255) tGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCa < 1:3520047/97‑1 (MQ=255) tGGCGCAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCa > 1:3497246/1‑97 (MQ=255) gcAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAt < 1:560526/97‑1 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAtt > 1:4485642/1‑97 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTAtt < 1:701915/97‑1 (MQ=255) cAGTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTATCATTAAAAAAAAAATACATGCAGGGGCTGGCGCAGTAtt > 2:2235095/1‑97 (MQ=255) gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAg > 1:3200130/1‑97 (MQ=255) gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAg > 1:3027420/1‑97 (MQ=255) gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGCACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAg > 1:4633419/1‑97 (MQ=255) gTCGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCACTAAAAAAAAAGAAAATGCAGGGGCTGGCGCAGTATTAg > 2:2428680/1‑97 (MQ=255) cGTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCa > 1:1408831/1‑97 (MQ=255) gTTGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAg < 1:3413284/97‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGTACTATGATTGGTATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt < 2:3589006/97‑1 (MQ=255) tGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 1:3861740/1‑97 (MQ=255) tGGCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgt > 2:4241306/1‑97 (MQ=255) ggCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGCTACAACTGACAAAAAAATACATGTAGGGGCTCGCGCAGTACTAGCAGgtg > 2:2075320/1‑97 (MQ=255) ggCGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCCGTACCATTAAAAAAAAAGAACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGgtg > 2:3640984/1‑97 (MQ=255) cGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGtgtg > 1:2297915/1‑97 (MQ=255) cGAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGTGCTACAACTGGTAAAAATGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGtgtg < 1:2692407/97‑1 (MQ=255) gAAGGTACAATGATTGATATGAATGCTACTCTCGGTGGTCGCGGTACCACTGGAAAAAAAGTACATGTAGGGGCTGGCGCAGTATTAGCAGGTGTGa > 2:4092552/1‑97 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |