Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | BX571857 | 1,233,404 | T→G | 34.7% | V109V (GTT→GTG) | SAS1155 → | conserved hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | BX571857 | 1,233,404 | 0 | T | G | 34.7% | 239.7 / inf | 229 | V109V (GTT→GTG) | SAS1155 | conserved hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (58/91); new base G (42/37); total (100/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.20e-01 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TAATTGTAATGAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAATGAGTTGTTGAAAATATATGAAAATATTGGCTATGAGACTGAATTT > BX571857/1233310‑1233500 | tggTAATGAGTGCTGTCGAGCCAGATGTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGGTAAATGCGAGAGTTTTGGt < 2:1969808/95‑1 (MQ=255) tGTAATGAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTg < 1:1061746/97‑1 (MQ=255) gTAATGAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGa > 2:2001024/1‑97 (MQ=255) aaTGAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACt > 1:1209458/1‑97 (MQ=255) aTGAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTa > 2:1765123/1‑97 (MQ=255) gAGTGCTGTCGAGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTaaa > 2:1138561/1‑97 (MQ=255) 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gacccAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTGAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATaaaa < 2:1675775/94‑1 (MQ=255) aaGCCAAATTTTTAAACGCAATTATTAGAACGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGAGACTAAAAAAGATaaaa > 2:1380326/2‑97 (MQ=255) aGCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAac < 1:3745999/97‑1 (MQ=255) gCCAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTAAAAAATAAAAAAGATAAAaca < 2:3155915/97‑1 (MQ=255) ccAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAacac > 1:4579925/1‑97 (MQ=255) ccAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAacac < 1:2596970/97‑1 (MQ=255) cAAATTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACAcc < 2:52182/97‑1 (MQ=255) aaaTTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCa < 2:3849434/97‑1 (MQ=255) aaaTTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCa < 1:1575973/97‑1 (MQ=255) aaTTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAATAGATAAAACACCaa > 1:112681/1‑97 (MQ=255) aaTTTTTCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCaa > 2:48839/1‑97 (MQ=255) tCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGaaa < 1:847198/97‑1 (MQ=255) tCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGaaa < 2:2410361/97‑1 (MQ=255) tCAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGaaa > 1:221748/1‑97 (MQ=255) cAACGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGaaaa < 1:161038/97‑1 (MQ=255) aaCGCAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAg < 2:865698/97‑1 (MQ=255) 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cAATTATTAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGt < 2:3245662/97‑1 (MQ=255) attattAGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTc < 2:3559322/97‑1 (MQ=255) ttattaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCg < 2:1863098/97‑1 (MQ=255) ttattaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCg < 2:3810122/97‑1 (MQ=255) tattaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGa > 2:1530842/1‑97 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa > 1:4108981/1‑97 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa > 2:3999341/1‑97 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa < 2:3380088/97‑1 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa < 2:4098849/97‑1 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa > 2:2409107/1‑97 (MQ=255) attaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaa < 2:3461657/97‑1 (MQ=255) ttaGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAACAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGaaa > 2:1105520/1‑97 (MQ=255) aGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAAtt > 1:803435/1‑97 (MQ=255) aGATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAAtt > 1:4053669/1‑97 (MQ=255) gATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTa < 2:3506756/97‑1 (MQ=255) gATCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTa < 2:3096211/97‑1 (MQ=255) aTCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTaa < 1:2523882/97‑1 (MQ=255) aTCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGAAAAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTaa < 2:608013/97‑1 (MQ=255) tCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAAt > 2:105130/1‑97 (MQ=255) tCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAAt > 1:2689827/1‑97 (MQ=255) tCGATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAAGGCGAGAGTGTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAAt < 1:3421243/97‑1 (MQ=255) gATTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAATGa < 2:3895122/97‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAATGAg < 1:1844158/97‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTTATTGCACATTCGTATCAGTTAAATGCGAGAGTTTTGGTGACTAAAAAAGATAAAACACCAATTGAAAAGCAGTTCGAAATTAATGAg < 2:2720558/97‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |