| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4018688 = | 16 (0.690) | 4 (0.180) | 3/242 | NT | 18.0% | coding (1079/1662 nt) | PP_3545 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| ? | NC_002947 | 4018719 = | 21 (0.940) | coding (1110/1662 nt) | PP_3545 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
GCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGGC > NC_002947/4018586‑4018861 | gCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGTGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCt > 1:356670/1‑150 (MQ=255) ctggccgctggccgGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCCGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCttt < 1:499450/150‑1 (MQ=255) gccgctggccgGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTtgtg > 1:433861/1‑150 (MQ=255) tGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGcc > 2:84247/1‑150 (MQ=255) cgTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCAt < 1:84247/150‑1 (MQ=255) aGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAg > 2:74791/1‑150 (MQ=255) gcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg < 1:405282/89‑1 (MQ=255) gcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg > 2:405282/1‑89 (MQ=255) aaaGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGcc > 1:142971/1‑150 (MQ=255) gcgcgcTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTcc > 2:461191/1‑150 (MQ=255) gAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGAt < 1:409104/150‑1 (MQ=255) gAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGAt < 2:433861/150‑1 (MQ=255) ccTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGaaa < 1:74791/150‑1 (MQ=255) ccTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGaaa > 1:545005/1‑150 (MQ=255) caccaAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATcgccgc > 2:63124/1‑150 (MQ=255) cGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGTCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCAc > 1:387040/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGTCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCa < 2:387040/150‑1 (MQ=255) aaggCCAGTGCCCTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAAc < 2:127523/105‑1 (MQ=255) aaggCCAGTGCCCTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAAc > 1:127523/3‑107 (MQ=255) tGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGa < 2:356670/150‑1 (MQ=255) ggCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAg < 2:182681/150‑1 (MQ=255) ttGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGgc > 2:608613/1‑150 (MQ=255) | GCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGGC > NC_002947/4018586‑4018861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |