| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 30,182 | C→T | 100% | intergenic (+147/‑96) | U712_00120 → / → U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 30,182 | 0 | C | T | 100.0% | 393.4 / NA | 117 | intergenic (+147/‑96) | U712_00120/U712_20865 | Sigma‑K factor‑processing regulatory protein BofA/16S ribosomal RNA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (64/53); total (64/53) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAA > CP006881/30049‑30312 | ttGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTa > 6:140227/1‑138 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGATGGTGTTATTCTTATATACGTCGCTGATGAGGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATCCTAAAAAGTAGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATATTAAAGTCGCATAATCGAGTGGaaaa > 7:38950/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 6:73327/1‑139 (MQ=255) tGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaa > 2:160697/1‑138 (MQ=255) gACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGATTGGTaaa > 6:310991/1‑138 (MQ=255) gACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTaaa > 5:146245/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 2:260053/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 6:193135/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 1:25262/1‑138 (MQ=255) aCTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAAc > 5:20385/1‑138 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAGCAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGAGAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGtt > 8:303618/1‑139 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGtt > 1:60942/1‑139 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGt > 7:310834/1‑138 (MQ=255) gACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGCTGTTGACAGTAGCGGCGGGAAAGGTTATGATATTAGAGTCGCTTAAGCGAGTGGTAATCATAGtt > 2:358958/1‑139 (MQ=255) aCTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt < 3:97694/139‑1 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 4:366021/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 5:287386/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 6:358246/1‑138 (MQ=255) cTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCttt > 1:106841/1‑138 (MQ=255) ggTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTATTTGaaaa > 1:360007/1‑138 (MQ=255) ttATTCTAATATACGGCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 6:79561/139‑1 (MQ=255) tATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa > 8:315853/1‑138 (MQ=255) aTTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAAc > 5:48079/1‑138 (MQ=255) aTTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAAc < 8:183312/138‑1 (MQ=255) aTTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAAc < 5:181483/138‑1 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTTAAAGCGTGGTAAACAAAGTTAGTTGCAAAATAAACAAcaca > 2:339931/1‑138 (MQ=255) atatACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACa > 1:319738/1‑138 (MQ=255) tataCGTCGCTGATGGCGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACaaa < 7:50329/139‑1 (MQ=255) taCGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAAc > 8:170146/1‑139 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 5:342056/1‑138 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 1:80135/138‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg < 2:362664/138‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 7:53271/1‑138 (MQ=255) cGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACg > 4:280939/1‑138 (MQ=255) gTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTa > 8:178174/1‑139 (MQ=255) gTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTa > 5:229818/1‑139 (MQ=255) gTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTa > 6:148956/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 4:141450/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 3:82216/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc > 2:30467/1‑139 (MQ=255) cGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAAAGAGTGGTAAACAAAGTTCGTTGAAAAATAAACAAGACAACACGTAcc > 5:52548/1‑139 (MQ=255) gCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTAcc < 7:203059/138‑1 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 7:303216/1‑139 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 7:57459/1‑139 (MQ=255) cTGATGACGAACAGCTTTCTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTg > 2:36494/1‑139 (MQ=255) aCGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAtt < 7:315853/139‑1 (MQ=255) aCGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAAt > 4:98315/1‑138 (MQ=255) cAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCAttt < 5:167593/139‑1 (MQ=255) ttGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCTGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATaaa < 1:260053/138‑1 (MQ=255) aaaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa < 5:371224/99‑1 (MQ=255) aaaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTaaa > 6:371224/1‑99 (MQ=255) aaaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCg < 6:291594/138‑1 (MQ=255) aaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 2:60942/139‑1 (MQ=255) aaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 4:356319/139‑1 (MQ=255) aaagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGAAAGTAGCGGAGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 1:320385/139‑1 (MQ=255) aaacaaaaTGCTAAAACGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 2:153905/139‑1 (MQ=255) aagaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca > 3:88374/1‑138 (MQ=255) agaaaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGcaca < 1:297729/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 5:33982/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 7:66705/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 6:229818/139‑1 (MQ=255) aaaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCa < 4:284976/139‑1 (MQ=255) aaTGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa < 6:287386/139‑1 (MQ=255) gttgttGACAGTAGCGTCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 7:333574/139‑1 (MQ=255) gttgttGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 5:290202/139‑1 (MQ=255) gttgACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtcagt > 3:87443/1‑139 (MQ=255) gACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc < 7:338318/133‑1 (MQ=255) gACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTagtc > 8:338318/1‑133 (MQ=255) aCAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCaaa < 5:193135/139‑1 (MQ=255) aCAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCaaa < 3:366021/139‑1 (MQ=255) gTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAacta < 4:88374/139‑1 (MQ=255) gTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAacta < 2:36582/139‑1 (MQ=255) tAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTGTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTTATTCATTTTTATATATCGCACAGCAATGTGCTTAGTCAGTCAAactac > 1:311343/1‑139 (MQ=21) gcggcgGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAactact < 6:200646/138‑1 (MQ=255) gcggcgGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAactact < 2:319738/138‑1 (MQ=255) tAAATGTTATGATAATAAATTCGGTTAAACGTGTGGTAAAGTTAGTTATTTGAAAACTAAACAAGACTATACGTAGCTGTAAATTCATTTTTATTAATCTCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTGAAACTACTTTATCGga < 8:38950/139‑1 (MQ=17) tGTAATGATACTAAAGGCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAACCGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGt < 5:193930/139‑1 (MQ=18) aTGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGa > 2:236192/1‑139 (MQ=255) tGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa > 7:118495/1‑99 (MQ=255) tGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa < 8:118495/99‑1 (MQ=255) tGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGAt > 7:255158/1‑139 (MQ=255) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATcc < 2:106841/139‑1 (MQ=255) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATc < 1:36494/138‑1 (MQ=255) ataataAAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGCTTGATc < 3:146417/138‑1 (MQ=255) taataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATcc < 5:222354/138‑1 (MQ=255) taataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATcc < 2:79902/138‑1 (MQ=255) taataaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATcc < 2:25262/138‑1 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCaa < 8:334180/93‑1 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAacta < 6:298406/114‑1 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAacta > 5:298406/1‑114 (MQ=255) taaAGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAAGGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGc > 8:294448/1‑139 (MQ=255) aaaGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca < 1:111415/86‑1 (MQ=255) aaaGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGca > 2:111415/1‑86 (MQ=255) aaGTCGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCt < 8:255158/138‑1 (MQ=255) cGCTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGa > 5:81360/1‑139 (MQ=255) catAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTTCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACg < 6:52548/137‑1 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTTCCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAc > 6:106282/1‑138 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGAc > 5:163935/1‑138 (MQ=255) cTTAAACGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACg < 1:160697/139‑1 (MQ=255) aaaCGAGTGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGaa < 6:342056/138‑1 (MQ=255) | TTGACTTAGACAACTGAAGGTGTTATTCTAATATACGTCGCTGATGACGAACAGCTTTTTTGAAAAGAAAATGCTAAAAAGTTGTTGACAGTAGCGGCGGTAAATGTTATGATAATAAAGTCGCTTAAACGAGCGGTAAACAAAGTTCTTTGAAAACTAAACAAGACAAAACGTACCTGTTAATTCATTTTTATAAATCGCACAGCAATGTGCGTAGTCAGTCAAACTACTTTATCGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAA > CP006881/30049‑30312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |