| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006881 | 3,905,563 | G→T | 19.5% | D86Y (GAT→TAT) | U712_20135 → | Uncharacterized protein yxcD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 3,905,563 | 0 | G | T | 19.5% | 163.6 / 6.8 | 102 | D86Y (GAT→TAT) | U712_20135 | Uncharacterized protein yxcD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/26); new base T (15/8); total (66/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGTTCTTCGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTA > CP006881/3905429‑3905699 | ggTTCTTCGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCATTTTGTTa > 1:35196/1‑138 (MQ=255) ttcttcGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAg > 2:202228/1‑138 (MQ=255) cttcGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGaa > 3:287129/1‑138 (MQ=255) cttcGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAAATTTAttataa > 1:353814/1‑133 (MQ=255) 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cAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGttttt > 6:28299/1‑139 (MQ=255) aTTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTc < 5:207592/138‑1 (MQ=255) aTTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTc > 6:207592/1‑138 (MQ=255) tGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTa > 4:17716/1‑138 (MQ=255) tGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTa > 7:64778/1‑138 (MQ=255) tGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTa < 5:165675/138‑1 (MQ=255) | GGTTCTTCGCTGAAGCTACATTTGGCCTGCACCACAAGCAGCTTATGTCAGATGACATTTCAGAAGGCATTATTCAGTTCTTAGAGGAATACCACAACTTCAATCCGGACGTTACCGTCGTTGAATTGCAATTTGATAAGAAAAAAGGCTTCTCCGCCTTGGTTTTTGTCAACGAAGCAGAAGAATAAAAATGTCTTAATCAAACCTTACTCCGCGCGGGTAAGGTTTTTTTAATGGTTTCTCTGAGCATAAAGTTATTTCGTTTTTCCTA > CP006881/3905429‑3905699 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |