| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP006881 | 2,856,028 | A→G | 6.1% | intergenic (‑303/+39) | U712_14735 ← / ← U712_14740 | Tyrosyl‑tRNA synthetase 1/Acetyl‑coenzyme A synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006881 | 2,856,028 | 0 | A | G | 6.1% | 194.0 / 2.5 | 65 | intergenic (‑303/+39) | U712_14735/U712_14740 | Tyrosyl‑tRNA synthetase 1/Acetyl‑coenzyme A synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/30); new base G (2/2); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTTTGTTTGCAAAAGCGGTTCATGAGTGTATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCTCATGATCTTTCCGCTTCTGGTTTTCGGAAG > CP006881/2855895‑2856162 | cTTTGTTTGCAAAAGCGGTTCATGAGTGTATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCAttttt > 5:94934/1‑139 (MQ=255) tttcAAAAGCGGTTCATGAGTGTAATAGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACat < 3:184592/135‑1 (MQ=255) gCAAAAGCGGTTCATGAGTGTATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACataa < 6:923/138‑1 (MQ=255) gtATTCGATATATCCGGCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgc < 4:276731/139‑1 (MQ=255) tATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgcc < 3:223321/139‑1 (MQ=255) tATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgc < 4:184614/138‑1 (MQ=255) ttCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCGTTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgccg < 4:211024/138‑1 (MQ=255) ttCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgccg < 1:145876/138‑1 (MQ=255) ttCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAcgccg < 8:130711/138‑1 (MQ=255) ttCGATATATCCGGCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCGACTTGTCTCAATCGTGACCTTTTCATATGAAGCTATATCAGTTTTAACAGAAATAAAGTCCTGTGTCTCcgccgc > 8:43327/1‑139 (MQ=255) atatatCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCttt > 1:102487/1‑139 (MQ=255) atatCAGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCATGTGTCTACGCCGCCtttt > 8:217606/1‑138 (MQ=255) atCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCAttttt > 7:109351/1‑101 (MQ=255) atCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCAttttt < 8:109351/101‑1 (MQ=255) atCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACat < 4:191539/106‑1 (MQ=255) atCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACat > 3:191539/1‑106 (MQ=255) atCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAt > 1:228247/1‑139 (MQ=255) tCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCGTTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtcctc > 2:357033/1‑138 (MQ=255) tCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCAtttt > 1:234851/1‑95 (MQ=255) tCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCAtttt < 2:234851/95‑1 (MQ=255) tgtgCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTTTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTTTCAACGCCGCCTTTTAATACTCCAt > 5:156926/1‑139 (MQ=255) tgtgCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtc < 5:66149/133‑1 (MQ=255) tgtgCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAAAGCCGCCTTTTAAtc > 6:66149/1‑133 (MQ=255) tgtgCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTAAATCTTTACCTGTTCATATGAAGCTATATAATTTTTAACATTAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCATCCAt > 1:285267/1‑139 (MQ=255) tgtgCTGATATTAACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTAATATGAAGCTATATAATTATTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGACGCCTTTTAATCCTCCAt > 4:9268/1‑139 (MQ=255) tgCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTTTCAACGCCTCCTTTTAATCCTCCAttg > 4:291537/1‑139 (MQ=255) aTTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtcct < 7:60879/128‑1 (MQ=255) aTTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtcct > 8:60879/1‑128 (MQ=255) cACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtcct < 7:68357/123‑1 (MQ=255) cACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAAtcct > 8:68357/1‑123 (MQ=255) cACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGAt < 4:280443/138‑1 (MQ=255) cATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGcc < 8:87320/139‑1 (MQ=255) tCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCgg < 6:94934/139‑1 (MQ=255) tctGGAACGTAAGGATATTCTACTAGTCTCAATCTTAACCTTTTCATATGAAGCTATATCGTTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGAtt > 1:238109/1‑138 (MQ=255) cGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTccc < 6:80394/139‑1 (MQ=255) cGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTccc < 6:276133/139‑1 (MQ=255) cGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTcc > 5:276133/1‑138 (MQ=255) gTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCa < 4:238871/139‑1 (MQ=255) tAAGGATATTCTACTTGGATCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCAt < 8:281866/139‑1 (MQ=255) aaGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATg > 8:26047/1‑139 (MQ=255) aaGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATg > 3:268271/1‑139 (MQ=255) aaGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATg > 3:338737/1‑139 (MQ=255) tCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTATTCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAg > 7:18191/1‑138 (MQ=255) tCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAg > 2:73649/1‑138 (MQ=255) cTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcgc < 6:163125/139‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcgc > 7:276542/1‑139 (MQ=255) cTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcgc < 7:348699/139‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcg < 2:285267/138‑1 (MQ=255) cTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcg < 7:26047/138‑1 (MQ=255) ttctcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGATATATCATTTTTAACATAAATAAAATACTCTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCAATGATGACAGAACTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGACTTAAGCACGCTcc > 8:274755/2‑139 (MQ=255) gTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcg < 5:87445/135‑1 (MQ=255) gTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCAcg > 6:87445/1‑135 (MQ=255) gTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCAATGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCAAGCCTTCAGCACGCGcc > 1:164378/1‑139 (MQ=255) tctcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCt < 1:73649/139‑1 (MQ=255) tctcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCt < 7:85690/139‑1 (MQ=255) ctcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCt > 4:163971/1‑138 (MQ=255) tcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAg < 3:332168/113‑1 (MQ=255) tcAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAg > 4:332168/1‑113 (MQ=255) aaTCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCGTTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCTCa < 1:357033/137‑1 (MQ=255) tACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCAt < 6:136800/112‑1 (MQ=255) tACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCAt > 5:136800/1‑112 (MQ=255) aCCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCTCATGATCTTTc > 4:136240/1‑139 (MQ=255) ttCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTa < 1:360429/97‑1 (MQ=255) ttCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTa > 2:360429/1‑97 (MQ=255) tatCATTTTTAACATAAATAAACTCCTGTGTCAACGCCGCCGTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGACGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCTCATGATCTTTCCGCTTCTGGTTTTAGGAAg > 1:162655/1‑139 (MQ=255) | CTTTGTTTGCAAAAGCGGTTCATGAGTGTATTCGATATATCCGTCTGTGCTGATTTTCACCGGCCATCAGCTCTCTGGAACGTAAGGATATTCTACTTGTCTCAATCTTTACCTTTTCATATGAAGCTATATCATTTTTAACATAAATAAAATCCTGTGTCAACGCCGCCTTTTAATCCTCCATTGTTGACAGATCTCCAGCCGGCAGATTAAGCTCCCATGCCTTCAGCACGCGCCTCATGATCTTTCCGCTTCTGGTTTTCGGAAG > CP006881/2855895‑2856162 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |