New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_012417 | 1993 = | NA (NA) | 141 (0.020) | 19/148 | NT | 7.0% | intergenic (+226/+100) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_012417 | 2021 = | 2029 (0.230) | intergenic (+254/+72) | USA300HOU_RS14895/USA300HOU_RS14900 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 1542 total aligned reads displayed.
TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑cattcg‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_012417/2082‑1993 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTAAGATT > NC_012417/2021‑2116 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 2:537489/91‑1 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 2:4683455/91‑1 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C > 2:1937564/1‑91 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C < 1:757885/91‑1 TTCCAATTGCTTTATTGACGTTGAGCCTCGGAACCCTTAACAATCCCAAAACTTGTCGAATGGTCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑C > 1:489420/1‑91 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1:2183005/1‑91 TCGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑TCTGCAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAACAATTGGA > 2:453358/1‑91 CGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATA > 2:478225/1‑91 CGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAA > 1:3234207/1‑91 CGGCTTAATAGCTCACGCTATGCCGA‑CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAA > 2:2534590/1‑91 TAATAGCTCACGCTATGCCGACCATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAG > 2:3409624/1‑91 CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > 2:1584032/1‑91 CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTTTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA > 2:2656504/1‑91 CATTCG‑‑‑A‑‑‑CAAGTCTTGGGATTGTTAAGGGTTCCGAGGCTCAACGTCAATAAAGCAATTGGAATAAATAGTATCTAAAGTAACCCGTATTTA < 2:3748107/91‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |