New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 365029 = | 235 (0.820) | 13 (0.050) | 11/136 | NT | 5.7% | intergenic (+39/+66) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter |
? | USA300TCH1516_ALE | 365083 = | 233 (0.960) | intergenic (+93/+12) | nupC_1/sglT | Nucleoside permease NupC/Sodium/glucose cotransporter |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/365130‑365029 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgacggggtttTATCATAACAATCTACTTTTTCGTAGCCGTTTTTGAAATGTATGTTGATGGTTTATCTTTTTCAAAAATTGTTAATCCCGTTATATCTTT > USA300TCH1516_ALE/365083‑365172 TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG < 1:3763933/91‑1 TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG > 1:3170140/1‑91 TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG > 1:2077381/1‑91 TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG > 1:2376427/1‑91 TCAACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGG > 1:4991277/1‑91 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ACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGA > 2:1931040/1‑91 ACATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGA < 2:497449/91‑1 CATACATTTCAAAAACGCCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACACCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGAC > 1:5484378/1‑91 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG < 1:2624628/91‑1 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG < 2:4085794/91‑1 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG < 1:951163/91‑1 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG > 2:4588022/1‑91 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG > 2:4945936/1‑91 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG > 2:2033555/1‑91 ATACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACG < 1:3760774/91‑1 TACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGG < 2:126793/91‑1 TACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTCGGTGACGG < 1:2853254/91‑1 ACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGG > 1:5167909/1‑91 ACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCATCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGG > 1:5484034/1‑91 ACATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCATCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGG > 1:5484185/1‑91 CATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGG > 1:3614317/1‑91 CATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGG < 1:1675106/91‑1 CATTTCAAAAACGGCTACGAAAAAGTAGATTGTTATGATAAAACCCCGTCACTAAGTTATGATGCGCTGTTGCGCCAACTTGGTGACGGGG > 1:230949/1‑91 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |