| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 854380 = | 268 (0.930) | 16 (0.060) | 15/148 | NT | 5.9% | intergenic (‑275/‑460) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 854405 = | 263 (0.990) | intergenic (‑300/‑435) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA | |||||
TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/854475‑854380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgggtcGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT > USA300TCH1516_ALE/854405‑854494 TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTTATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC > 2:2035820/1‑91TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC < 2:3837723/91‑1TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC > 1:3555016/1‑91TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTAC > 1:3556098/1‑91 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG > 1:5372343/1‑91 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 1:464254/91‑1 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 1:461759/91‑1 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 2:2635956/91‑1 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG > 1:4241023/1‑91 ATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACG < 1:3595998/91‑1 TTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGG < 2:4320875/91‑1 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG > 2:4677742/1‑91 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG < 2:4505950/91‑1 TCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGG < 2:2508277/91‑1 CTTAAGTTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGCGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCATGATTAA‑CGTACGGGT > 2:5538448/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 2:1119439/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 2:1192881/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 2:2658404/1‑91 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT < 2:4139344/91‑1 CTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGT > 1:758546/1‑91 TTACATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAAGTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTC < 1:5245334/91‑1 TTAAATTTGTTTAAAAAATGAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTC < 2:5656191/91‑1 AATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACGTTAAT‑CGTGCGGGTCGTT < 2:1379108/91‑1 TTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATT < 1:2840495/91‑1 AAAGAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATCGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTAT < 1:5243668/91‑1 AAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTC < 1:5564992/91‑1 GACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAA > 2:5626801/1‑91 ACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATCATCCCGCAATTTCAAGCATTAGTTTTTTAAACAAATTTAca > 2:3475150/1‑89 CCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGA > 1:350649/1‑91 CCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGA > 1:350538/1‑91 CCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGA > 2:1251994/1‑91 CGCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAAT > 2:3065170/1‑91 GCACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATA > 1:139548/1‑91 CACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATAC > 1:1086064/1‑91 ACGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGTATACA > 2:5254149/1‑91 CGATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACAT > 2:1906433/1‑91 GATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATA > 2:4117156/1‑91 ATTAA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAG > 1:900854/1‑91 AA‑CGTACGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAA > 2:272392/1‑91 gttCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTAAACTTCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATAT < 2:4344885/88‑1 acaGGTCGTTTTTAATTATTTCTTATTCAAATTATACATAAATTTAAAGCATTAATTATTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAA < 2:3376954/88‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 2:3684760/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 2:4185921/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 2:3684492/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 1:5311427/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC > 1:3055857/1‑91 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC > 1:3056161/1‑91 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 1:3182766/91‑1 CGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAAC < 2:1909907/91‑1 GGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACA > 1:2765496/1‑91 GGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAA > 2:3484665/1‑91 GGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAA < 1:1851491/91‑1 GTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCGGGGGAGATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAAT < 1:2272895/91‑1 GTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAAT < 2:1056760/91‑1 GTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAAT < 1:2272281/91‑1 GTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAAT > 1:669143/1‑91 CGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT < 1:180413/91‑1 TATTCTTAAATTTGTTTAAAAAATTAATGCTTTAAATTGATGTATAATGGGAATAAGAAATAAATAAAAACGACCCGCACGATTAA‑CGTACGGGTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/854475‑854380‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cgggtcGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAAGAATACATAGTAATATAACAATCT > USA300TCH1516_ALE/854405‑854494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |