| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2102579 | 220 (0.770) | 14 (0.050) | 9/146 | NT | 6.2% | intergenic (‑39/+277) | USA300HOU_RS10625/USA300HOU_RS10630 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2102583 | 220 (0.840) | intergenic (‑43/+273) | USA300HOU_RS10625/USA300HOU_RS10630 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2102483‑2102579‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agaggggACAACCCCTCTATTTTATTTGAAAATAAGGAGAGTATTATAAAATGGCAAAATTAAAACGTAACATTATTCAATTAGTAGAAGATCCAAA < USA300TCH1516_ALE/2102583‑2102494 TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATA > 1:1621733/1‑91TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATA > 1:5126536/1‑91TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATA > 1:2599478/1‑91TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATA > 2:552936/1‑91 TTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAG > 2:2088918/1‑91 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GCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGAC < 1:1258138/91‑1 CTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACA < 2:317974/91‑1 TTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAA < 1:2283612/91‑1 TTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAAC < 2:2499534/91‑1 TTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAAC < 1:1908763/91‑1 TTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAAC < 2:1742418/91‑1 TGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCC < 2:2296927/91‑1 GATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCAATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCT < 2:967991/91‑1 ATCTTCTACTAATTTAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGATTGGACAATCCCTC < 2:3484853/91‑1 ATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTGATGATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTC < 2:670791/91‑1 TCTTCTAGTGATTGAATACTGTTACGGTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCT < 2:4517936/91‑1 TCTTCTACTGATTGAATAATGTTACGTGTTGATTTTGCCATTTTGTAATACTCGCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCT < 2:1582108/91‑1 TCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCT < 1:5174771/91‑1 TCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCT < 2:4517810/91‑1 TCTTCTAATAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCAATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCT < 2:4635934/91‑1 TTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCTAT < 2:4598904/91‑1 AATAATGTTACGTTTTAAGTTTGACATTTTATAATACTCTCCTTATTTTGAAATAAAATAGAGGGGACAACCCCTCTATTTTATTTGAAAA < 2:5205398/91‑1 ATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGGTTGTCCCCTCTATTTTATTTGACAATAAGGAGAGTATTATAAAATGGCAAAATTAAAA > 1:1663376/1‑91 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TTTCATTTGCTTTTGGATCTTCTACTAATTGAATAATGTTACGTTTTAATTTTGCCATTTTATAATACTCTCCTTATTTTCAAATAAAATAGAGGGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2102483‑2102579‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agaggggACAACCCCTCTATTTTATTTGAAAATAAGGAGAGTATTATAAAATGGCAAAATTAAAACGTAACATTATTCAATTAGTAGAAGATCCAAA < USA300TCH1516_ALE/2102583‑2102494 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |