| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 399691 = | 297 (1.030) | 16 (0.060) | 9/138 | NT | 6.5% | coding (1712/1713 nt) | efeU | Ferrous iron permease EfeU |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 399718 = | 206 (0.830) | intergenic (+26/+66) | efeU/tatC2 | Ferrous iron permease EfeU/Sec‑independent protein translocase protein TatCy | |||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
GGTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGCCGAGTGCCTGTTTTTTTGTTGCTATATTGGAAATATTCGGTATTGCAGTATAACGATAATCACAGCATTGATTCGTATAA > USA300TCH1516_ALE/399601‑399781 | cgaggcaaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaa < 2:2925550‑M1/1‑1 (MQ=255)cgaggcaaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaa > 1:4941621‑M1/91‑91 (MQ=255) gTTGGGCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTtaaaaaataa > 1:5130502/1‑91 (MQ=255) ggcaaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaaaaa < 2:4922667‑M1/4‑1 (MQ=255) gcaaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaaaaaa < 1:5361623‑M1/5‑1 (MQ=255) gcaaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaaaaaa > 2:3177982‑M1/87‑91 (MQ=255) caaaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaaaaaaa < 1:971963‑M1/6‑1 (MQ=255) gCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAAc < 2:1800052/91‑1 (MQ=255) gCTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAAc > 2:535851/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACa > 1:400895/1‑91 (MQ=255) cTTTTATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACa > 1:1324775/1‑91 (MQ=255) aaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAacc < 2:3100877‑M1/8‑2 (MQ=255) aaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACa < 1:1879397‑M1/8‑1 (MQ=255) aaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACa < 2:1324775‑M1/8‑1 (MQ=255) aaccgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACa < 1:4382262‑M1/8‑1 (MQ=255) ttttATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAg < 2:96952/91‑1 (MQ=255) accgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACAg > 1:1000580‑M1/83‑91 (MQ=255) accgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACAg < 1:352001‑M1/9‑1 (MQ=255) accgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACAg < 2:218708‑M1/9‑1 (MQ=255) accgccaacacattaaccttatacgaatcaatgctgtgattatcgttatactgcaataccgaatatttccaatatagcaacaAAAAAACAg > 2:2740557‑M1/83‑91 (MQ=255) tttATCCTAGTTATGAGCCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCGTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAgg < 2:5380710/91‑1 (MQ=255) ttATCCAAGTTATGAACCATTGATAGCACAAGGTGCTTATATTATGGTAGTTGCTATCTTAATCTTTAAATTTAAAAAATAAAAAACAGGc > 1:4275323/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |