| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 805359 = | 275 (0.960) | 12 (0.050) | 7/126 | NT | 6.2% | intergenic (‑284/+57) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 805402 = | 146 (0.650) | intergenic (‑327/+14) | dtpT/queF | Di‑/tripeptide transporter/NADPH‑dependent 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase | |||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
ATGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATAAGTTAGGAAAATCAACTTATTGGTGTGTTTATTAAATGATACATTTAACGATTATCTATTTTTTCGGGATATAAATCA > USA300TCH1516_ALE/805270‑805449 | aTGTTGTTTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGaaaa > 2:2266933/1‑91 (MQ=255) ctaaatatgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaataaa < 1:2636418‑M1/3‑1 (MQ=255) taaatatgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAac < 2:1451589‑M1/4‑1 (MQ=255) gttgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAac > 1:690961/1‑91 (MQ=255) gttgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAac < 1:2124984/91‑1 (MQ=255) ttgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAaca < 2:499724/91‑1 (MQ=255) ttgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAaca < 2:4884500/91‑1 (MQ=255) ttgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAaca > 1:4131349/1‑91 (MQ=255) aaatatgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAaca < 1:3268565‑M1/5‑1 (MQ=255) tgttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAacac < 2:2783764/91‑1 (MQ=255) aatatgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAacac < 1:1446720‑M1/6‑1 (MQ=255) aatatgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAacac > 1:5159624‑M1/86‑91 (MQ=255) gttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAacaca > 2:2357780/1‑91 (MQ=255) gttTAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAacaca < 1:5538416/91‑1 (MQ=255) 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ttAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACAcc > 2:3973614/1‑91 (MQ=255) ttAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACAcc < 1:3696864/91‑1 (MQ=255) tgaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAACACACCa < 2:930675‑M1/10‑1 (MQ=255) tAATTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGAAAAATGAAAAACACACCa < 2:4360908/91‑1 (MQ=255) gaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAACACACCaa > 2:5172397‑M1/81‑91 (MQ=255) gaaaaaatggctgagcatcgtttgatgaatcatgatttatatcccgaaaaaatagataatcgttaaatgtatcatttaatAAACACACCaa < 2:1748787‑M1/11‑1 (MQ=255) aTTCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATGTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAAt > 1:114321/1‑91 (MQ=255) ttCGTGTACTAATATTCTTTTGGTGTACTTTGGTATAAAATGTTATTTTAATCTAACCTATTATGTATGCTAAATGAAAAACACACCAATa < 1:5417294/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |