New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE 760026 =292 (1.020)18 (0.080) 12/132 NT 8.2% coding (1674/1674 nt) USA300HOU_RS03705 Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein
?USA300TCH1516_ALE 760070 = 162 (0.690)intergenic (+44/+83) USA300HOU_RS03705/mgrA Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA

Only 100 of 342 total aligned reads displayed.

TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTT  >  USA300TCH1516_ALE/759980‑760160
                                                                                          |                                                                                          
tAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTta                                                                                            >  1:4624731/1‑91 (MQ=255)
 aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa                                                                                           >  2:3776920/1‑91 (MQ=255)
 aGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaa                                                                                           >  2:2094769/1‑91 (MQ=255)
   cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact                                                                                         >  2:588537/1‑91 (MQ=255)
   cTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact                                                                                         >  1:158348/1‑91 (MQ=255)
       tCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACa                                                                                     <  2:4217172/91‑1 (MQ=255)
          aGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGc                                                                                  >  1:2029115/1‑91 (MQ=255)
           ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt                                                                                 >  1:1240799/1‑91 (MQ=255)
           ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt                                                                                 >  1:1036681/1‑91 (MQ=255)
           ggTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCt                                                                                 >  2:4650227/1‑91 (MQ=255)
            gTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCtt                                                                                >  2:2819971/1‑91 (MQ=255)
                tttATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCGAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcgc                                                                            <  1:5595046/91‑1 (MQ=255)
                 ttATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTACCAAGCTTAcgcg                                                                           >  2:3625912/1‑91 (MQ=255)
                 ttATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTAcgcg                                                                           >  1:5373/1‑91 (MQ=255)
                  tATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGt                                                                          <  1:1100537/91‑1 (MQ=255)
                     ggAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt                                                                       <  1:5314659/91‑1 (MQ=255)
                     ggAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCt                                                                       <  2:3246132/91‑1 (MQ=255)
                      ttagcacgcgtaagcttgttagttaaaaaactgcttgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa                                                                      <  1:2978347‑M2/23‑1 (MQ=255)
                      gAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa                                                                      <  1:1264054/91‑1 (MQ=255)
                      gAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTa                                                                      <  2:3138648/91‑1 (MQ=255)
                       aaTATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAATAAGCTTACGCGTGCTaa                                                                     <  1:4281838/91‑1 (MQ=255)
                        atatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAt                                                                    >  2:3863939/1‑91 (MQ=255)
                         tatGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAAtt                                                                   <  1:5653674/91‑1 (MQ=255)
                             aTTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGttt                                                               <  1:5050293/91‑1 (MQ=255)
                              ttCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtttt                                                              >  2:1433838/1‑91 (MQ=255)
                              ttCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtttt                                                              <  1:1433982/91‑1 (MQ=255)
                              ttCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGtttt                                                              >  2:3100773/1‑91 (MQ=255)
                                cAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc                                                            >  2:1230942/1‑91 (MQ=255)
                                cAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTGACGCGTGCTAATTGTTTTTc                                                            <  2:1581776/91‑1 (MQ=255)
                                cAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTCCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTc                                                            >  2:5480614/1‑91 (MQ=255)
                                     taATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTAttt                                                       >  2:4852781/1‑90 (MQ=255)
                                     taATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTc                                                       <  1:3858444/91‑1 (MQ=255)
                                      aaTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCt                                                      >  2:2959371/1‑91 (MQ=255)
                                       aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt                                                     <  1:1974508/91‑1 (MQ=255)
                                       aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt                                                     >  1:3404953/1‑91 (MQ=255)
                                       aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCtt                                                     >  1:830525/1‑91 (MQ=255)
                                       aTGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCATGCTAATTGTTTTTCTATTCtt                                                     >  2:5557177/1‑91 (MQ=255)
                                          cATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaat                                                  >  1:2352374/1‑91 (MQ=255)
                                            tAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaataa                                                <  1:2444839/91‑1 (MQ=255)
                                            tAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTtaataa                                                >  2:3332766/1‑91 (MQ=255)
                                              AAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAAt                                              <  2:51929‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc                                            <  1:639883‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                AAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTc                                            <  2:4843503‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                 AAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCt                                           <  2:1536818‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                  AACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTa                                          >  2:2057546‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                    CTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTaaa                                        <  2:5406414‑M1/91‑1 (MQ=255)
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                                                      GCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATCCTAAACa                                      <  1:4465585‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                       CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTaa                                                                     <  1:4089201‑M1/59‑1 (MQ=255)
                                                       CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTaa                                                                     >  2:4089201‑M1/1‑59 (MQ=255)
                                                       CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt                                     >  2:2190062‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                       CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt                                     <  1:3085358‑M1/91‑1 (MQ=255)
                                                       CTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAt                                     >  1:4387479‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                        TTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACAtt                                    >  2:1105243‑M1/1‑91 (MQ=255)
                                                         tgaaaggtttcttagcctatcaagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATCAATTCTAAACATTa                                   >  2:4332158‑M2/34‑91 (MQ=255)
                                                         TGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTa                                   <  2:735192‑M1/91‑1 (MQ=255)
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                                                                      aaCCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCAt                      <  1:5115870/91‑1 (MQ=255)
                                                                        ccTTTCAAGCAGTTTTTTTACTTATAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTCATTGTCATGa                    >  2:864742/1‑91 (MQ=255)
                                                                        ccTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTCCGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGa                    >  1:5516463/1‑91 (MQ=255)
                                                                        ccTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGa                    >  1:220884/1‑91 (MQ=255)
                                                                          tttCAAGCAGTTTTTTATCTAACATGCTTACGATTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTCTCATTACa                  >  2:4126839/1‑91 (MQ=255)
                                                                          tttCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACa                  >  2:518815/1‑91 (MQ=255)
                                                                          tttCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACa                  >  1:1163467/1‑91 (MQ=255)
                                                                           ttCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaa                 <  2:904975/91‑1 (MQ=255)
                                                                             caagcagttttttAACTCACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaaaa               >  1:5471510‑M2/14‑91 (MQ=255)
                                                                             caagcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACaaaa               >  1:3962079‑M2/14‑91 (MQ=255)
                                                                               agcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGt             <  1:4172528‑M2/80‑1 (MQ=255)
                                                                                gcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGtt            >  2:2473506‑M2/11‑91 (MQ=255)
                                                                                gcagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGtt            <  2:2494155‑M2/81‑1 (MQ=255)
                                                                                 cagttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTa           <  1:1683465‑M2/82‑1 (MQ=255)
                                                                                  agttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTaa          <  1:2187830‑M2/83‑1 (MQ=255)
                                                                                   gttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAat         >  1:1529809‑M2/8‑91 (MQ=255)
                                                                                   gttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAat         >  1:455013‑M2/8‑91 (MQ=255)
                                                                                    ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAatt        <  1:2297430‑M2/85‑1 (MQ=255)
                                                                                    ttttttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAatt        >  1:1809790‑M2/7‑91 (MQ=255)
                                                                                       tttAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAattatt     <  2:714280‑M2/88‑1 (MQ=255)
                                                                                         tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt   <  1:352334‑M2/90‑1 (MQ=255)
                                                                                         tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt   >  1:258615‑M2/2‑91 (MQ=255)
                                                                                         tAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAtttt   >  2:1026702‑M2/2‑91 (MQ=255)
                                                                                          aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt  >  2:3826057/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt  >  2:4768883/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          aactaacAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTAttttt  <  2:1833669/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
TAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTT  >  USA300TCH1516_ALE/759980‑760160

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.