New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1457718 | NA (NA) | 22 (0.090) | 13/138 | NT | NA | intergenic (+103/+28) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1457722 | NA (NA) | intergenic (+107/+24) | USA300HOU_RS07235/ybjG | hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATG > USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457812 | gACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGCGGTTTTGATTTTAc > 1:1012987/1‑91 (MQ=18) gACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCCTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTAc > 1:5587046/1‑91 (MQ=18) aCTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACt > 1:537560/1‑91 (MQ=34) aCTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACt > 1:1544763/1‑91 (MQ=34) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:3863131/1‑91 (MQ=35) cTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTa > 2:3200311/1‑91 (MQ=35) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 1:1834506/1‑91 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 2:2233665/1‑91 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:2668604/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:2026222/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat < 1:578259/91‑1 (MQ=37) ttGTCAGTGCCCTCTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTat > 1:2765956/1‑91 (MQ=37) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:4518782/1‑91 (MQ=40) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTattta > 1:765773/1‑91 (MQ=40) tCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGCCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATGTTACTattta > 1:5632186/1‑91 (MQ=255) cAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaa < 1:3645869/91‑1 (MQ=255) aGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaat > 2:682414/1‑91 (MQ=255) gCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTatttaattta < 2:1637244/91‑1 (MQ=255) cccTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttat > 1:2581083/1‑91 (MQ=255) ttttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaa < 1:5126307/91‑1 (MQ=255) ttAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaatt > 2:615500/1‑91 (MQ=255) tAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATttaatttattaattt < 1:1178219/91‑1 (MQ=255) gggCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTtaatttattaatttat > 2:557258/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt > 1:3054727/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt > 1:825079/1‑91 (MQ=255) gCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAatttattt > 1:4346001/1‑91 (MQ=255) cTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTc > 1:1089671/1‑91 (MQ=255) cTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTc > 1:2147948/1‑91 (MQ=255) tGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCt < 1:4285777/91‑1 (MQ=255) ggCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCATAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTa < 2:5271655/91‑1 (MQ=255) gCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTaa < 2:4768655/91‑1 (MQ=255) ccAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAg < 1:54743/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt > 2:384326/1‑91 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 1:1600123/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:4027851/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:4054288/91‑1 (MQ=255) cAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGt < 2:1351408/91‑1 (MQ=255) aGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGta < 1:3519710/91‑1 (MQ=255) aGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGta < 1:5332692/91‑1 (MQ=255) gTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaa > 2:3053731/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat > 1:4586469/1‑91 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat < 1:2529962/91‑1 (MQ=255) tAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaat > 1:2815210/1‑91 (MQ=255) aaggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaata > 2:344091/1‑91 (MQ=255) aggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataa > 1:1883127/1‑91 (MQ=255) ggaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAc < 1:119998/91‑1 (MQ=255) gcaggCGTATAGCCGTAGCACAAACCGCCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATGTGATTTATTAATTTATTTCTAAGtaataatg < 1:4722260/89‑3 (MQ=21) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAAcc > 2:4855230/1‑90 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 2:4184031/1‑91 (MQ=255) gaaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACg > 1:5238185/1‑91 (MQ=255) aaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGt > 2:3387787/1‑91 (MQ=255) aaggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGt > 2:5179217/1‑91 (MQ=255) aggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGtt > 2:3301131/1‑91 (MQ=255) ggCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTg > 2:5504929/1‑91 (MQ=255) gCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGa < 2:2654753/91‑1 (MQ=255) 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tCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaata < 1:2991022/91‑1 (MQ=255) cacaCGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaataa < 2:1409442/91‑1 (MQ=255) acacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaataat > 1:1386614/1‑91 (MQ=255) cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATg > 1:1488873/1‑91 (MQ=255) cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATg > 1:2337660/1‑91 (MQ=255) | CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATG > USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457812 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |