New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 1457718NA (NA)22 (0.090) 13/138 NT NA intergenic (+103/+28) USA300HOU_RS07235/ybjG hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG
?USA300TCH1516_ALE = 1457722 NA (NA)intergenic (+107/+24) USA300HOU_RS07235/ybjG hypothetical protein/Putative undecaprenyl‑diphosphatase YbjG

Only 100 of 230 total aligned reads displayed.

CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATG  >  USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457812
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                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       >  1:1976835/1‑91 (MQ=255)
                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       <  1:193173/91‑1 (MQ=255)
                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       <  2:383099/91‑1 (MQ=255)
                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       <  2:3712937/91‑1 (MQ=255)
                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       <  2:2347637/91‑1 (MQ=255)
                                                                   gTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATGTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaa       <  1:4991846/91‑1 (MQ=255)
                                                                     tCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaata     <  1:2991022/91‑1 (MQ=255)
                                                                      cacaCGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaataa    <  2:1409442/91‑1 (MQ=255)
                                                                       acacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCaataat   >  1:1386614/1‑91 (MQ=255)
                                                                        cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATg  >  1:1488873/1‑91 (MQ=255)
                                                                        cacGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATg  >  1:2337660/1‑91 (MQ=255)
                                                                        |                                                                                          
CTGACTTGTCAGTGCCCTTTTAGGGCTGGCCAGTAAGGAAGGCTTATAGCCGCAGAACAAACCACCCGTTCACACGGGTGGTTTTGATTTTACTATTTAATTTATTAATTTATTTCTAAGTAATAACGTTGATAAAATAATGCAAAATAATCCACCAATAATG  >  USA300TCH1516_ALE/1457650‑1457812

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.