Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 512,643 A→G 19.9% intergenic (+711/‑6052) recR → / → speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG19.9% 1081.7 / 233.9 446intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (180/176);  new base G (39/50);  total (219/227)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.87e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 486 total aligned reads displayed.

ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512734
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                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          <  1:3598201/91‑1 (MQ=255)
                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  1:28599/1‑91 (MQ=255)
                   acaacTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTCAAATGTCAATAAAATGTATaattaatt                                                                          >  2:3818499/1‑91 (MQ=255)
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                                                                           aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  2:2443513/91‑1 (MQ=255)
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                                                                           aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                  <  2:1159687/91‑1 (MQ=255)
                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGACTGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  2:1046797/1‑91 (MQ=255)
                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTTAACGTTAAtt                 <  2:5082814/91‑1 (MQ=255)
                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  1:233775/1‑91 (MQ=255)
                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 <  2:1695643/91‑1 (MQ=255)
                                                                            ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCGTGTCGGTAACAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAtt                 >  2:5456013/1‑91 (MQ=25)
                                                                             tGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTc                >  2:5093821/1‑91 (MQ=255)
                                                                                cTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa             <  2:5194465/91‑1 (MQ=255)
                                                                                cTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaa             <  1:3726211/91‑1 (MQ=255)
                                                                                  tAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaa           <  2:4288535/91‑1 (MQ=255)
                                                                                    aaTGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCaaaaaa         >  2:4797538/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      agTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCAGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACg       <  2:4881196/90‑1 (MQ=255)
                                                                                       gTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAAAATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt      <  1:2689408/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        ttAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTa     >  1:5029190/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          aataaAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc   >  2:4454430/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                           
ATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACT  >  USA300TCH1516_ALE/512553‑512734

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: