Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 740,322 | G→C | 6.7% | intergenic (+549/+39) | pitA_1 → / ← sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 740,322 | 0 | G | C | 6.7% | 1126.5 / 56.9 | 322 | intergenic (+549/+39) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (117/183); new base C (9/13); total (126/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
Only 100 of 354 total aligned reads displayed.
ATATAAATATGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACATGATGTGA‑ATTGCTAGTATATATCAGTACAATTTATTTAATTAATGGATGAATGCATAGCTAGAAACTTCTGAAGCTGGAATTGTACGGTAG > USA300TCH1516_ALE/740232‑740412 | tataaatatGTATGATAGGGAAGGGTTAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACatga < 2:455251/91‑1 (MQ=255) tataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACatga < 1:3680728/91‑1 (MQ=255) ataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACatgat < 1:2273116/91‑1 (MQ=255) ataaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACGAGCAATCTCACatgat > 2:5388713/1‑91 (MQ=255) taaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACatgatg < 1:1084483/91‑1 (MQ=255) taaatatGTATGATAGGGAAGGGTGAGATAATTTTTTGTACCAAAATGAAAATTTTTTTCAA‑AAATAAAAAACTAGCAATCTCACatgatg > 1:3259125/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |