New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 760039 | 168 (0.920) | 9 (0.060) | 10/226 | NT | 5.5% | intergenic (+13/+114) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
? | USA300TCH1516_ALE | = 760055 | 157 (0.970) | intergenic (+29/+98) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/759886‑760039 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaactgcttgaAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCAAA < USA300TCH1516_ALE/760055‑759916 GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA > 1:473437/1‑141 GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAA > 3:907/1‑141 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CTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAA < 3:580128/141‑1 CTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAA > 4:580128/1‑141 TACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 3:145957/141‑1 TACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAA < 3:313141/141‑1 acccgcTTTAACGTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 2:60795/135‑1 ACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAA < 3:517554/141‑1 CACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAATGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAAC > 4:83282/1‑141 ACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAAac > 2:41354/1‑139 CGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTG < 1:1012855/141‑1 CGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTG < 2:996901/141‑1 CGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTG < 1:1506720/141‑1 GATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGC < 1:1548951/141‑1 ATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCT < 1:1259221/141‑1 ATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAACGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCT > 2:1279509/1‑141 TTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTT > 1:922850/1‑141 TTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTT < 1:1264911/141‑1 TAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA > 3:102537/1‑141 TAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA < 1:556319/141‑1 TAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATGGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAACAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAAATGCTTGA > 2:196288/1‑141 ACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGC > 4:151008/1‑141 GTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCT < 1:152714/141‑1 TTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAT < 2:1646197/141‑1 TGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCA < 3:206148/141‑1 GAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAA < 1:1384032/141‑1 ACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCA < 1:793444/141‑1 CCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAG < 3:151008/141‑1 TATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTA > 3:321557/1‑141 TATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTA > 1:679431/1‑141 GCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCAT > 1:1511598/1‑141 CATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATC > 2:411890/1‑141 AAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAA > 3:513035/1‑141 AAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAAT < 4:128354/141‑1 aacACTGCTTGGAAGGTTTCTTAGCCTACCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTGGCTAGTAATTGTTGATAGGTTCCCTTTTCAACTATTTTATCATTTTTGATCCCAATc > 4:529766/4‑140 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATG > 1:270524/1‑141 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATG > 1:91267/1‑141 AAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGACTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATG > 2:806791/1‑141 AACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGTTAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGAT > 2:1254448/1‑141 ACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATG > 1:1035994/1‑141 ACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATG < 1:266709/141‑1 ACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATG > 2:1021228/1‑141 CTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGG < 3:455369/141‑1 CTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGG > 1:1065437/1‑141 GCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTC > 4:550001/1‑141 GCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAACCATTTTTTTTATGCATGATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCACCTAGCTTACCATTTATCATCACAATGATGGcc < 2:1251870/141‑3 CTTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCCTAAAGCACCATGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCT > 2:319441/1‑141 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC < 3:161457/141‑1 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC < 1:643557/141‑1 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC > 2:400937/1‑141 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC < 4:140410/141‑1 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC < 2:807334/141‑1 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTC < 4:706046/141‑1 TTGAAAGGTTTCTTAGCCTACCAAGCAGTTTTGGTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCCTGATTCGCTAGTAATTCTTGCTAGTTTCCCTGTTCAACTATTTTACCATTTATCCTCACAATGATGGTCTC < 2:413611/141‑1 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCA > 3:333577/1‑141 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCA > 2:1517570/1‑141 TGAAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCA > 1:15800/1‑141 AAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCAAA > 2:924761/1‑141 GCTACACACGATTTAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/759886‑760039 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaaaaactgcttgaAAGGTTTCTTAGCCTATCAAGCAGTTTTTTTATGCATTATATTGAATCATATTCCATAAAGCACCTTGATTAGCTAGTAATTGTTGATAGTTTCCCTTTTCAACTATTTTACCATTTATCATCACAATGATGGTCTCAAA < USA300TCH1516_ALE/760055‑759916 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |