| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 955970 = | 170 (0.930) | 10 (0.060) | 9/230 | NT | 6.4% | intergenic (‑192/+50) | glpQ_1/argH | Glycerophosphodiester phosphodiesterase/Argininosuccinate lyase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 956005 = | 139 (0.840) | intergenic (‑227/+15) | glpQ_1/argH | Glycerophosphodiester phosphodiesterase/Argininosuccinate lyase | |||||
CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/956121‑955970‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acattgtgggtaGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/956005‑956143 CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TA > 1:1033290/1‑141CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TA > 4:12314/1‑141CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TA > 1:683507/1‑141CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TA > 1:217540/1‑141 CTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATT < 2:835814/141‑1 TGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTG > 1:1040422/1‑141 tAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGT < 3:263196/140‑1 AAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGG < 1:975740/141‑1 AAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGG < 2:810167/141‑1 AATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCGACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTCCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTCCCCACCATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGG < 3:659571/141‑1 AATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGG < 2:1373291/141‑1 AATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGG < 3:669368/141‑1 ATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACACACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGGT < 4:532982/141‑1 AAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGT‑AATTTTAATAGACATTGTGGGTAGGTAGAT < 1:401596/141‑1 AAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTA < 2:1551512/141‑1 TCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGT‑AATTTTAATAGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGT < 1:1446037/141‑1 TCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTAATTTTATTA‑GACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTT < 2:1108433/141‑1 CGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGT‑AATTTTAATAGACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACAT < 4:123850/141‑1 AAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TAC < 1:1262846/82‑1 AAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TAC > 2:1262846/1‑82 ATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGG > 1:606571/1‑141 CTATTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGC > 2:92491/1‑141 TATTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCA > 1:128372/1‑141 TTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAA > 2:375940/1‑141 TTAAAAT‑TACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAA > 2:1000614/1‑141 ACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTA < 2:1579336/141‑1 ACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATT > 4:460690/1‑120 ACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATT < 3:460690/120‑1 ACATTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTCTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTA < 1:100108/141‑1 ATTGTGGGTAGGTAGATTAAAGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAA < 2:361468/141‑1 TTGTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAAT < 2:1108861/141‑1 GTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATAT < 3:567692/141‑1 GTGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATAT < 2:1372843/141‑1 TGGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATC > 4:373817/1‑141 GGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCG < 2:889219/141‑1 GGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCG < 2:463464/141‑1 GGGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCG < 4:86347/141‑1 GGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGG < 2:1630131/141‑1 GGTAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGG > 2:1140896/1‑141 GGTAGGTAGATT‑ACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGC < 3:169338/141‑1 TAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA < 2:692360/141‑1 TAGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA < 4:401547/141‑1 CAGCCTGAAAATTGTTTAAAACGACGTCAAAGTTACGGTTCAACAGGTCAATCATCGGTCAAACAACAACTTGATGTTGCTAAACAATTACTATCACAATAAATACGTTAATCTACCTACCCACAATGTCTATTAAAAT‑TACATTGTGGGTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/956121‑955970‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑acattgtgggtaGGTAGATTAACGTATTTATTGTGATAGTAATTGTTTAGCAACATCAAGTTGTTGTTTGACCGATGATTGACCTGTTGAACCGTAACTTTGACGTCGTTTTAAACAATTTTCAGGCTGCAAATAATCGTAAATATCGGCA > USA300TCH1516_ALE/956005‑956143 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |