New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062972 | 139 (0.760) | 17 (0.100) | 10/226 | NT | 12.2% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2062986 | 122 (0.750) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
GTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2062821‑2062972 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtcaaccaaggatGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG < USA300TCH1516_ALE/2062986‑2062847 GTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGT > 1:978159/1‑141 GTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGT > 3:497976/1‑141 TTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTC < 4:622078/141‑1 AGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAAC < 2:856087/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG > 1:123889/1‑141 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG < 1:1443120/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG < 1:841248/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAACAAAGAGTCAACCAAGG < 2:1403813/141‑1 GATTCTGCAACTACAACCGATAGAAAGAAGGTCATTGCTATTTTAGGAACCTTAGATTTCAAAGTAGATATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAATTCAAGAGTCAACCACGG > 4:436964/1‑141 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTCGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA > 1:1222064/1‑141 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA < 4:64980/141‑1 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA < 4:292202/141‑1 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATAGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA < 1:1610055/141‑1 TTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT > 1:1487087/1‑141 TTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATATTAGAAACATTAGCTTTCAACGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT < 3:600905/141‑1 ACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTT < 1:255067/141‑1 ACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTT < 1:315371/141‑1 aGATATAAAGAAAATCATTGCTATTTTAAAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 3:522860/140‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:508341/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:650164/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:309135/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 3:245656/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 4:244944/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 1:192876/141‑1 TAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTT < 2:613939/141‑1 AAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTG < 2:380301/141‑1 TCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTC < 2:852791/141‑1 TTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTT > 2:94662/1‑140 TTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTT < 1:94662/140‑1 CTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAACAAAAGAA‑‑AGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAG < 1:897785/141‑1 ATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTAT > 3:291914/1‑84 ATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTAT < 4:291914/84‑1 GTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACT < 1:448464/141‑1 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTTATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT < 3:322560/141‑1 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT < 2:611489/141‑1 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT > 1:1344181/1‑141 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT < 4:378423/141‑1 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC < 1:1207854/141‑1 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC > 3:53011/1‑141 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC > 3:630310/1‑141 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC > 1:969342/1‑141 ACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCT > 2:968575/1‑141 ACCAACGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCAATTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCT < 2:205067/141‑1 CAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTT < 1:1016692/141‑1 CAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTGGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCATTCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTT < 3:315532/141‑1 AAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTA < 1:1640288/141‑1 AGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGGCTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTAT < 1:1038316/141‑1 AGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTAT < 2:1069367/141‑1 AGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTAT > 4:497976/1‑141 GATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTACGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATAT < 3:519418/141‑1 GATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATAT < 1:703423/141‑1 TGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG > 1:684598/1‑141 TGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG > 2:1304698/1‑141 GTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2062821‑2062972 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtcaaccaaggatGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG < USA300TCH1516_ALE/2062986‑2062847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |