New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | = 760055 | 157 (0.970) | intergenic (+29/+98) | USA300HOU_RS03705/mgrA | Putative multidrug export ATP‑binding/permease protein/HTH‑type transcriptional regulator MgrA |
Only 100 of 264 total aligned reads displayed.
TAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGC > USA300TCH1516_ALE/759899‑760179 | tAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGA < 1:556319‑M1/141‑1 (MQ=255) aaCTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAt > 3:207071/1‑141 (MQ=255) aaCTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAt > 2:1488850/1‑141 (MQ=255) cTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAg > 1:1216990/1‑141 (MQ=255) cTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAg > 2:1342018/1‑141 (MQ=255) ttATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGc < 1:129978/141‑1 (MQ=255) ttATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGc < 2:1351464/141‑1 (MQ=255) aTTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCTATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTa < 1:860374/141‑1 (MQ=255) aTTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTa < 1:171843/141‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCAAAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAg < 2:371314/141‑1 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tgtgATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTta < 3:664854/141‑1 (MQ=255) gatgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 2:1210169/1‑141 (MQ=255) gatgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaact > 4:454449/1‑141 (MQ=255) gatgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGAAAGGTTTCTTAGCCTAtcaagcagtttttttatg > 2:411890‑M2/1‑123 (MQ=255) atgatAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATGTAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaacta > 2:187577/1‑141 (MQ=255) tgatAAATGTTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTtaactaa < 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2:1254448‑M1/1‑10 (MQ=255) aaCTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtc > 1:1537733/1‑141 (MQ=255) cTGCTTGAaaggtttcttagcctatcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatgg < 3:455369‑M1/141‑134 (MQ=255) cTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatgg < 3:151008‑M2/141‑118 (MQ=255) cTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTtcat < 4:207071/141‑1 (MQ=255) tGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggt < 1:793444‑M2/141‑119 (MQ=255) ttGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCaaa < 4:36665/141‑1 (MQ=255) ttGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCaaa < 1:675299/141‑1 (MQ=255) ttGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCaaa > 1:50231/1‑141 (MQ=255) tGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAAt > 1:531755/1‑141 (MQ=255) aaaggtttcttagcctatcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggtctcaaa > 2:924761‑M1/1‑1 (MQ=255) aTAGGCTAAGAAACCTTtcaagcagtttttttatgcattatattgaatcatattccataaagcaccttgattagctagtaattgttgatagtttcccttttcaactattttaccatttatcatcacaatgatggtctcaaa < 2:1646197‑M2/141‑125 (MQ=255) | TAACTTTATTGTCACGTTTTGAGACCATCATTGTGATGATAAATGGTAAAATAGTTGAAAAGGGAAACTATCAACAATTACTAGCTAATCAAGGTGCTTTATGGAATATGATTCAATATAATGCATAAAAAAACTGCTTGATAGGCTAAGAAACCTTTCAAGCAGTTTTTTAACTAACAAGCTTACGCGTGCTAATTGTTTTTCTATTCTTAATAAATTCTAAACATTACTTTAATTGTCATGACAAAAGTTAATTATTTTTCCTTTGTTTCATCAAATGC > USA300TCH1516_ALE/759899‑760179 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |