New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1533866 = | 173 (0.950) | 9 (0.050) | 9/232 | NT | 5.7% | coding (219/588 nt) | USA300HOU_RS07480 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 1533900 = | 138 (0.830) | coding (185/588 nt) | USA300HOU_RS07480 | hypothetical protein |
Only 100 of 210 total aligned reads displayed.
ACTATTAAATCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCACCCAAACTGCAATACGCGACT > USA300TCH1516_ALE/1533726‑1534005 | tttattgaatagttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaa > 2:946704‑M1/141‑141 (MQ=255) ttattgaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaaa < 1:347637‑M1/2‑1 (MQ=255) tATTAAATCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaat > 2:1171859/1‑141 (MQ=255) attgaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAAtt < 1:1629226‑M1/4‑1 (MQ=255) ttgaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTg < 1:284911‑M1/5‑1 (MQ=255) ttgaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTg > 2:1027205‑M1/137‑141 (MQ=255) ttgaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTg < 4:648692‑M1/5‑1 (MQ=255) ttAAATCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaattg < 1:999701/141‑1 (MQ=255) ttAAATCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAaattgaattg < 3:340048/141‑1 (MQ=255) gaatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCa < 1:79689‑M1/7‑1 (MQ=255) aaaTCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCa > 4:174946/1‑141 (MQ=255) aatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAg > 2:78859‑M1/134‑141 (MQ=255) aatatttactttttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAg > 2:1124103‑M1/134‑141 (MQ=255) aatatttacttgttcaatatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAg > 1:809840‑M1/134‑141 (MQ=255) aataatcTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAg > 4:354558/5‑141 (MQ=255) atcTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGc > 2:1095345/1‑141 (MQ=255) cTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGACGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATCTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGt > 2:1380527/1‑141 (MQ=255) tAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCATAAGCGTg < 2:1067032/141‑1 (MQ=255) tAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTg > 1:177415/1‑141 (MQ=255) gCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAc > 2:479615/1‑141 (MQ=255) gCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAc > 4:473589/1‑141 (MQ=255) ccTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACt < 2:83314/141‑1 (MQ=255) tttcaatatcgatttaagtcgcgttttgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACtt > 3:507660‑M1/123‑141 (MQ=255) cTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACtt < 2:1626270/141‑1 (MQ=255) tttGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAAATTTATATTACGCTTAGTGAATTGAATTGCAGAAGCGTGACGTc > 1:895761/1‑141 (MQ=255) gCTCATGCTTTGCCACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGAACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTTATTTGTATTCACTTACTTTATATTATTATTAGTAATTTGAATTGCAGTAGCGTGACTTtccc > 4:293417/1‑140 (MQ=255) cTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCg > 2:62885/1‑130 (MQ=255) cTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCg < 1:62885/130‑1 (MQ=255) cTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCAc < 1:1159917/141‑1 (MQ=255) atatcgatttaagtcgcgtattgcagtttgggtgcttaactatataaaagtgaatgaggcgaaattggcaaacattcattttgtagatacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCAc > 2:960562‑M1/118‑141 (MQ=255) tCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACt > 1:415715/1‑141 (MQ=255) cGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCt > 1:849126/1‑141 (MQ=255) gCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTg > 2:1500941/1‑141 (MQ=255) gCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTg > 1:203679/1‑141 (MQ=255) tttGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCa < 1:1126568/141‑1 (MQ=255) gACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAAtt > 2:369116/1‑141 (MQ=255) gACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAAtt > 3:173548/1‑141 (MQ=255) acacGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAGACCGCAGGTTTAGGTCGTTTATTAAGCAAAGATGTCACTGGTATTCATTAACTGTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAAttt < 3:637383/141‑1 (MQ=255) cacGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATCATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTc < 1:1605968/141‑1 (MQ=255) cacGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTc < 2:580032/141‑1 (MQ=255) cacGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTc > 2:423772/1‑141 (MQ=255) tttGCGACGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCCTTCACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAAt < 3:420836/141‑1 (MQ=255) tttGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAAt > 3:70270/1‑141 (MQ=255) tttGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAAt > 1:43424/1‑141 (MQ=255) ttGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATg < 2:911784/141‑1 (MQ=255) tGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGt > 4:403279/1‑141 (MQ=255) tGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGt < 1:369116/141‑1 (MQ=255) cGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGttt > 1:609303/1‑141 (MQ=255) aaGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCa > 1:237010/1‑141 (MQ=255) aTTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCAtgatga < 3:432165/141‑1 (MQ=255) aTTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCAtgatga < 1:1144252/141‑1 (MQ=255) ttGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGAtt < 1:219309/141‑1 (MQ=255) ttGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAATTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGAtt > 4:320998/1‑141 (MQ=255) aaTATCAAAAGCACACTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAt < 1:1378159/141‑1 (MQ=255) atatCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAtt > 2:684264/1‑141 (MQ=255) atatCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAtt > 1:1659149/1‑141 (MQ=255) atCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATGTGTTTGGATTAACTGTATGTTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAAtttt < 1:1485014/141‑1 (MQ=255) cAAAAGCAAAGATATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTg > 2:332936/1‑141 (MQ=255) aaaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTa < 1:363802/141‑1 (MQ=255) aaaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTa > 3:658859/1‑141 (MQ=255) aaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTGATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTAt > 2:1641517/1‑141 (MQ=255) aaGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTAt > 3:243633/1‑141 (MQ=255) aGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAAt < 2:1111167/115‑1 (MQ=255) aGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATc < 1:1418809/141‑1 (MQ=255) gCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCt < 4:676704/141‑1 (MQ=255) cacaGTTATGATTAGCGATATAATCACATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTa > 1:465652/1‑141 (MQ=255) cacaGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTa > 1:1524502/1‑141 (MQ=255) cacaGTTAAGGTTAGCAATATAGACAAAGATTTCATTTGTATTCGTTAACTTTATCTTTAGCATATTAAATTGAATTGCAGAAGCTTGACTTCCCACTTCTACAATTTTTACTATTGAATGATGATCAATATTTGTATCtt > 2:1650071/1‑140 (MQ=255) aGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACaa > 2:284911/1‑141 (MQ=255) tGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAaatga < 1:1452098/141‑1 (MQ=255) gCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGttt > 2:825435/1‑141 (MQ=255) gATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGc < 3:267296/141‑1 (MQ=255) tCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTCGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCGAATTTc > 2:407675/1‑141 (MQ=255) tCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTc > 2:373591/1‑141 (MQ=255) cAAATATGTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCg < 2:1164456/141‑1 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTGATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTc < 1:1641517/141‑1 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCAttt > 1:766239/1‑140 (MQ=255) tCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTc < 4:260004/141‑1 (MQ=255) cATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCa < 4:547305/141‑1 (MQ=255) aTTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCAc < 1:1500941/141‑1 (MQ=255) aTTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCATCATTCAc > 2:52310/1‑141 (MQ=255) tGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACttt > 2:1536735/1‑141 (MQ=255) tATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTta > 2:754673/1‑141 (MQ=255) atacaaaaattaatcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTtatat < 2:447119‑M1/110‑1 (MQ=255) ttAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTACCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGt > 3:580295/1‑141 (MQ=255) aCTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGAATTCCAACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGACTCATTCACTTTTCTCTAGTTaa > 2:984731/1‑141 (MQ=255) cTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAg > 2:187580/1‑141 (MQ=255) ttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCa < 1:1205729/141‑1 (MQ=255) ttATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCa < 1:939410/141‑1 (MQ=255) ttATAGTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCa < 4:575662/141‑1 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCTCCTCATTCACTTTTATATAGTTATGCAcc > 2:250267/1‑141 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCa > 2:80933/1‑139 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCAcc > 2:125827/1‑141 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCAcc < 1:534749/141‑1 (MQ=255) atatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCAcc > 1:783790/1‑141 (MQ=255) tatTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCAccc < 1:1065737/141‑1 (MQ=255) tcatcatgaaacattagaAATTGCAGAAGTGGGAAGTCACGCTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGtt > 1:951776‑M1/19‑99 (MQ=255) cTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCACCCAAACTGc < 2:1266758/141‑1 (MQ=255) cTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCACCCAAACTGc < 3:36638/141‑1 (MQ=255) tgaattgCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCACCCAAACTGCAATACGCGAc > 2:65720/1‑141 (MQ=255) | ACTATTAAATCATCTAGCCTTTGCTCACGCTTTGACACGTTTGCGAAGTGAATTTGAATATCAAAAGCACAGTTATGATTAGCGATATAATCAAATATTTCATTTGTATTCATTAACTTTATATTACGCTTAGTAAATTGAATTGCAGAAGCGTGACTTCCCACTTCTGCAATTTCTAATGTTTCATGATGATTAATTTTTGTATCTACAAAATGAATGTTTGCCAATTTCGCCTCATTCACTTTTATATAGTTAAGCACCCAAACTGCAATACGCGACT > USA300TCH1516_ALE/1533726‑1534005 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |