New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | 2716816 = | 168 (1.010) | intergenic (+124/+26) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTT > USA300TCH1516_ALE/2716602‑2716882 | cacaATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:424115‑M1/141‑1 (MQ=255) cacaATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:1066427‑M1/141‑1 (MQ=255) cacaATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA < 1:925173‑M1/141‑1 (MQ=255) cacaATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACA > 2:1064994‑M1/1‑141 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tgaaagaagcgggtggcacagtcgttcaagaaccaacagtaagccaagggttttatggagcaatgttcaaagatcttgatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGc > 1:688093‑M1/137‑141 (MQ=255) tAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCC < 2:350548‑M1/141‑1 (MQ=255) gaaagaagcgggtggcacagtcgttcaagaaccaacagtaagccaagggttttatggagcaatgttcaaagatcttgatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGcc > 4:186732‑M1/136‑141 (MQ=255) gaaagaagcgggtggcacagtcgttcaagaaccaacagtaagccaagggttttatggagcaatgttcaaagatcttgatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGcc > 2:1292163‑M1/136‑141 (MQ=255) gaagcgggtggcacagtcgttcaagaaccaacagtaagccaagggttttatggagcaatgttcaaagatcttgatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGCCCATa < 2:314053‑M1/10‑1 (MQ=255) 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ggTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTa > 1:770515/1‑141 (MQ=255) gTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTaa > 2:1641731/1‑141 (MQ=255) aCTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGgt > 1:805501/1‑141 (MQ=255) aCTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGgt > 1:690892/1‑141 (MQ=255) ccTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCa < 3:46358/141‑1 (MQ=255) ccTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCa > 1:399164/1‑141 (MQ=255) cTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCGGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCAt > 2:1434798/1‑141 (MQ=255) tCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATc < 1:796039/141‑1 (MQ=255) aTAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCaa < 3:311134/141‑1 (MQ=255) tAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAg < 4:545093/141‑1 (MQ=255) aCAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATc < 1:127807/141‑1 (MQ=255) cAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCt > 2:553473/1‑141 (MQ=255) AAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCtt > 2:970327‑M1/1‑141 (MQ=255) AAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCtt < 2:441965‑M1/141‑1 (MQ=255) | CACAATAAAAGTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTT > USA300TCH1516_ALE/2716602‑2716882 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |