| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2716804 | 168 (1.010) | intergenic (+112/+38) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGC > USA300TCH1516_ALE/2716612‑2716892 | gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 4:46358‑M1/1‑141 (MQ=255)gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 4:109095‑M1/1‑141 (MQ=255)gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:35538‑M1/1‑141 (MQ=255) tGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGGTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGAtt > 4:66200/1‑141 (MQ=255) 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3:545093‑M1/141‑137 (MQ=255) CATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCGTTGAACa > 3:561098‑M1/1‑141 (MQ=255) aTACagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatcagtatgggctttgtttatgaggtcagttggcaccttaagtgcaatacctcgtgagcaaatattaattttgnatatacccgtattgt < 2:458309‑M1/141‑138 (MQ=255) aTACagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatcagtatgggctttgtttatgaggtcagttggcaccttaagtgcaatacctcgtgagcaaatattaattttgaatataaccgtattgt > 1:819008‑M1/1‑4 (MQ=255) aCagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatcagtatgggctttgtttatgaggtcagttggcaccttaagtgcaatacctcgtgagcaaatattaattttgaatataaccgtattgttg > 1:1570682‑M1/1‑2 (MQ=255) aCagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatcagtatgggctttgtttatgaggtcagttggcaccttaagtgcaatacctcgtgagcaaatattaattttgaatataaccgtattgttg < 2:1052332‑M1/141‑140 (MQ=255) | GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGC > USA300TCH1516_ALE/2716612‑2716892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |