New junction evidence | |||||||||||
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TCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTA > USA300TCH1516_ALE/2872437‑2872717 | tCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA < 2:1272752‑M1/141‑1 (MQ=255) cTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACtga‑t < 3:377789/141‑1 (MQ=255) ttAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGActcat < 1:609398‑M1/141‑6 (MQ=255) ttAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGt > 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tCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGa < 2:33366/141‑1 (MQ=255) ga‑tgaGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGt < 1:248897/141‑1 (MQ=255) gActcatcagtgatcttttttttcttttattttaagaataaatagaaatttatgttataatctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgataaataagcgagtgatgtaattgtaaaaagcttacctaattt > 2:1120724‑M1/1‑2 (MQ=255) gActcatcagtgatcttttttttcgtttaaattaataataaatagaaatttatgttataagctcaataaaagattaaatatagcttcaaataaatacaattaataggcgagagattttatcgtaaaaagcatatcgaatta > 1:1307513‑M1/1‑2 (MQ=255) gActcatcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaatagaaatttatgttataagctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgataaataagcgagtgatgttattggaaaaagcttaccgaatta > 2:1567309‑M1/1‑2 (MQ=255) a‑tgaGtcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaatagaaatttatgttataagctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgataaataagcgagtgatgttattggaaaaagcttaccgaattaa < 1:682819‑M2/141‑137 (MQ=255) a‑tgaGtcagtgatcttttttttcgtttaaattaagaataaatagaaatttatgttataagctcaatagaagtttaaatatagcttcaaataaaaacgataaataagcgagtgatgttattggaaaaagcttaccgaattaa < 2:777132‑M2/141‑137 (MQ=255) a‑tgaGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTa < 1:1409611/141‑1 (MQ=255) | TCTTTTTAATTCGGTAAGCTTTTTCCAATAACATCACTCGCTTATTTATCG‑TTTTTATTTGAAGCTATATTTAAACTTCTATTGAGCTTATAACATAAATTTCTATTTATTCTTAATTTAAACGAAAAAAAAGATCACTGA‑TGAGTCAGTGATCTTATGCAGATAAAACTTTACGGCCTTTACGACGACGGCGCGCTAAAACTTTACGGCCATTTTTTGTGCTCATGCGTTTTCTGAAACCATGAACTTTACTATGTTTACGTTTATTTGGTTGATAAGTA > USA300TCH1516_ALE/2872437‑2872717 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |