New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 1525239 = | 130 (0.780) | intergenic (‑312/+10) | asnS/dinG_1 | Asparagine‑‑tRNA ligase/putative ATP‑dependent helicase DinG |
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCGATCATCAA > USA300TCH1516_ALE/1525100‑1525379 | tataATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTAc > 1:818610/1‑141 (MQ=255) aataaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACttt > 1:1538470/1‑141 (MQ=255) aataaAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACttt > 1:1497727/1‑141 (MQ=255) aGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTAtt < 2:23892/141‑1 (MQ=255) atatTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGTACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCActtt < 1:91412/141‑1 (MQ=255) atatTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATGTCActtt < 3:625979/141‑1 (MQ=255) attattAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCActtttt > 1:1428027/1‑141 (MQ=255) ttattaGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCActttttc < 2:920159/141‑1 (MQ=255) tattaGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCActttttct < 4:248419/141‑1 (MQ=255) tattaGTATGAACGTCCCGGTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCActttttct < 1:510079/141‑1 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tAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTc < 2:1232398/141‑1 (MQ=255) tAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTc < 2:636822/141‑1 (MQ=255) aaCATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTcc < 2:1090998/141‑1 (MQ=255) ttCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAAc < 2:177827/141‑1 (MQ=255) cAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTg > 1:1448884/1‑141 (MQ=255) aGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTTTATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGtt > 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gtcaCAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTAt > 1:370669/1‑141 (MQ=255) cacaAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGa < 1:169338/141‑1 (MQ=255) ataattttACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATGATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCT‑TTTTTTCTGACGATATTTTTCAAGAGATTAAAAAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCg < 2:364453‑M2/133‑1 (MQ=255) agaattttACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCg < 3:48499‑M2/133‑1 (MQ=255) agaattttACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCg < 4:638998‑M2/133‑1 (MQ=255) aattttACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAGTGTTTGTTTAAAAAAGTTTTTATTATTTCTGTTTTTGAGTTGat > 2:202237‑M2/7‑141 (MQ=255) aCTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTTAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGTTAATTTTCATGTGTTTTTTCAAAAAAGTTTTTATATTTACTGTTTATGTTTCTatcatctt > 2:1497603/1‑139 (MQ=255) aCTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTTAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCATGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATTATTACTTTTTATGTTTCGAtcttcat > 2:321896/1‑140 (MQ=255) aCTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCGATCATCaa < 1:1321695/141‑1 (MQ=255) | TATAATAAAGCCTCAATATTATTAGTATGAAGGTCGTTTTTTGTGCTAACATTCAAGTTTAATTATAAAACTCAAATTTTGACGACCAAACAAAAATTCTTGTAACAGAACATAGCACATGTCATGTCACAAGAATTTTACTTTGTATTTCACTTTTTCTTTTTTTGAATTTGTCTTAATAATTTTCCAAACTGTTGAATGTCGCC‑TTTTTTCTGACGATAATTTTCAAGTGTTTGTTCAAAAAAGTTTTTATAATTACTGTTTATGAGTCGATCATCAA > USA300TCH1516_ALE/1525100‑1525379 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |