New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2062972 | 139 (0.760) | 17 (0.100) | 10/226 | NT | 12.2% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
? | USA300TCH1516_ALE | = 2062986 | 122 (0.750) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | P‑protein/Sodium‑dependent dicarboxylate transporter SdcS |
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCAATGGCAGTGG > USA300TCH1516_ALE/2062846‑2063126 | ccGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCACGGCTTAAAATAGGAatcc < 2:758909/141‑1 (MQ=255) ccGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAatcc < 4:109403/141‑1 (MQ=255) atatAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatc < 1:703423‑M2/141‑4 (MQ=255) taAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcctt < 1:1640288‑M2/141‑7 (MQ=255) aaagaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttg < 1:1016692‑M2/141‑8 (MQ=255) aaagaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGAATGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCCACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttg < 3:315532‑M2/141‑8 (MQ=255) agaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAATTGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatcgttggt < 2:205067‑M2/141‑10 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt < 1:1207854‑M2/141‑11 (MQ=255) gaaagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggtt > 3:630310‑M2/1‑131 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 4:378423‑M2/141‑13 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttga < 2:611489‑M2/141‑13 (MQ=255) aagTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATAAAAATAGGAATCCatccttggttga < 3:322560‑M2/141‑13 (MQ=255) agTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgac < 1:448464‑M2/141‑14 (MQ=255) cATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTGAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActtt < 3:170333/141‑1 (MQ=255) aTTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttc > 1:283775/1‑141 (MQ=255) tGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttctt > 1:649668/1‑141 (MQ=255) gCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGActttcttt < 2:308131/141‑1 (MQ=255) aTTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgt > 2:167773/1‑141 (MQ=255) tattAGCAACCTTACATTTCAAAGTAGAACTGATTGGTGCTTTTAATTAAAATTAATTTTATAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACAAAGAATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtt < 4:204155/139‑1 (MQ=255) tttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgttt < 1:129154/141‑1 (MQ=255) ttAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTtttgtttg < 2:706961/141‑1 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1:1413688/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttt < 4:619168/141‑1 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttt > 1:8793/1‑141 (MQ=255) cTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGttt < 2:1286086/141‑1 (MQ=255) ttAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGACAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCACCCTTGCTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGtttt > 1:1359179/1‑141 (MQ=255) tttCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTacac < 3:492538/141‑1 (MQ=255) 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1:1507879/141‑1 (MQ=255) aaCCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCCGTTGTTTGTATTGTTTTTAAACGACGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCCATTCCTAATGTCACCTTCTATCATCCGTTCTAATCTGc > 1:1319280/1‑141 (MQ=255) cAAGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttcttt < 2:380301‑M2/141‑121 (MQ=255) aaGGATTAAAATAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttcttta < 2:613939‑M2/141‑122 (MQ=255) ggATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTAc < 1:636482/141‑1 (MQ=255) ggATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTAc < 2:1533094/141‑1 (MQ=255) 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tAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTAtt > 4:429202/1‑141 (MQ=255) tAAAATAGAAATCCATCCTTTTTTTACTTTCTTTTGTTTCTATTGCTTTAACACGATGCTGCTGTTTACGTTTCGTTTCCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTAtt < 3:421249/141‑1 (MQ=255) aaaaTAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcatttctactttgaaatctaaggtttctaaaatagcaatgactttctttatatcggt < 1:255067‑M2/141‑129 (MQ=255) aaaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTGTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTAttt > 2:352921/1‑141 (MQ=255) aaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTc > 1:1061756/1‑141 (MQ=255) aaaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTc < 1:205067/141‑1 (MQ=255) aaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACTACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCa > 3:598947/1‑141 (MQ=255) aaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCa < 1:1236479/141‑1 (MQ=255) aaTAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCa > 1:812374/1‑141 (MQ=255) aTAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat < 4:291914‑M2/84‑75 (MQ=255) aTAGGAATCCatccttggttgactctttattttatttaaattgtagaacctagaaaataaagtttaattaaaagcaccaatcat > 3:291914‑M2/1‑10 (MQ=255) tccatccTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCAATGGCAGt > 4:529509/1‑141 (MQ=255) | CCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATTAAAATAGGAATCCATCCTTGGTTGACTTTCTTTTGTTTGTATTGTTTTTACACGATGCTGCGGTATACGTTTCGTTACCACTCGTCCAAGCAATTGCTAATGTAACCTTTTATTTTTCGTTCTAATCTGCAATTACTATTTCAATGGCAGTGG > USA300TCH1516_ALE/2062846‑2063126 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |