New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 125 (0.770) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
TCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGATTGCGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2256303‑2256583 | cATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTtttat > 2:941625/1‑141 (MQ=255) tACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 3:336809/1‑141 (MQ=255) tACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTttatttat > 2:89460/1‑141 (MQ=255) tgtaaaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTatat > 2:1593418/4‑141 (MQ=255) acaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 1:674269/141‑1 (MQ=255) acaAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtatt < 3:653890/141‑1 (MQ=255) aaaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtattat < 3:362153/141‑1 (MQ=255) aaaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTAtattat < 2:1172849/141‑1 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta < 3:608086/141‑1 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATAttatta > 2:1635500/1‑141 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gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATg > 1:1290016/1‑141 (MQ=255) gACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATg < 4:505254/141‑1 (MQ=255) ttAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTa > 2:1132631/1‑141 (MQ=255) gctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTGATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATc > 1:887847‑M1/31‑141 (MQ=255) aaTTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATc > 2:223383/1‑141 (MQ=255) ttGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTa < 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CATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATAcat < 3:549824‑M1/141‑1 (MQ=255) taaatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATAcatca > 3:284376‑M2/35‑141 (MQ=255) tCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATAcatcat < 1:142937/141‑1 (MQ=255) aatggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACatcatc > 2:534656‑M2/33‑141 (MQ=255) tGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCg > 2:371280/1‑141 (MQ=255) atggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCg > 1:261212‑M2/32‑141 (MQ=255) atggggatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATAGTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGAGTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTAGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCg > 4:132983‑M2/32‑141 (MQ=255) gggCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGc > 1:757582/1‑141 (MQ=255) gatacgcccagaatgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGc > 1:513127‑M2/27‑141 (MQ=255) aTCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCAt < 1:83207/141‑1 (MQ=255) ccccATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTa < 3:88947/141‑1 (MQ=255) aTTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAg > 3:167110/1‑141 (MQ=255) ttATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCa < 1:1023882/141‑1 (MQ=255) atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTTTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTGTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAAt > 1:998505‑M2/15‑141 (MQ=255) atgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAAt > 2:1346616‑M2/15‑141 (MQ=255) tgtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAAtt > 2:819156‑M2/14‑141 (MQ=255) gtgttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATAca < 2:1295263‑M2/104‑1 (MQ=255) ttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGa > 4:32298‑M2/10‑141 (MQ=255) ttggcttttATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGa < 3:679872‑M2/132‑1 (MQ=255) atttatATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGATTGCGtttt > 1:1467390/1‑141 (MQ=255) atttatATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGATTGCGtttt < 2:1454706/141‑1 (MQ=255) atttatATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGATTGCGtttt > 1:1132790/1‑141 (MQ=255) | TCATTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTAAACATCCAATTATGTTTATCTACTGATGTTTGCATACCTATAAACATATCTTCTGATACATCATCGCCAGCATTACCAGCAATTTCGATTGCGTTTT > USA300TCH1516_ALE/2256303‑2256583 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |