New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 2716804 | 168 (1.010) | intergenic (+112/+38) | USA300HOU_RS13965/USA300HOU_RS13970 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
CAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGCT > USA300TCH1516_ALE/2716666‑2716944 | acaaTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtat < 3:580322‑M2/141‑5 (MQ=255) acaaTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtat > 1:819008‑M2/1‑137 (MQ=255) ttcaaagatcttgatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATggg > 2:756027‑M1/72‑141 (MQ=255) aTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtatggg > 4:562309‑M2/1‑134 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tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATACACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta‑tt < 3:187250/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta‑tt < 2:1606656/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta‑tt < 1:1522052/141‑1 (MQ=255) tatTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta‑tt < 2:1038475/141‑1 (MQ=255) atTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTttta‑ttt < 2:940006/141‑1 (MQ=255) gatggacaccattttaattttttggtctgctaaaatgaaattctcaaaagaataaataaAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTa < 4:678297‑M1/66‑1 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cACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCAtt > 1:1138200/1‑141 (MQ=255) ggTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGc < 2:982748/141‑1 (MQ=255) ggTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGc > 1:1190785/1‑141 (MQ=255) gTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCACATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGCATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGACTTTCATCTTAGCa > 2:1424226/1‑141 (MQ=255) tATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAg < 1:859285/141‑1 (MQ=255) tATTGCACGTAAGGTGCCAACTGACTGCATAATCAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTTTCTCACCATGTTGTACATTACGCTTCCTCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAAGTTCATTTTAGCAg < 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2:1444407/141‑1 (MQ=255) cacaTTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGa > 2:1079383/1‑141 (MQ=255) aTTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACg > 3:703744/1‑141 (MQ=255) aTTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACg < 1:983627/141‑1 (MQ=255) cGCTTCATCTCTGTATGGACTTTTTA‑TATATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACtg < 2:374983/141‑1 (MQ=255) gCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACtgt < 3:77770/141‑1 (MQ=255) ttCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGc < 1:244243/141‑1 (MQ=255) cATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCa < 2:870468/141‑1 (MQ=255) aTCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCAc < 2:202872/141‑1 (MQ=255) tctcTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCAcc < 3:147158/141‑1 (MQ=255) tctGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCg < 3:382900/141‑1 (MQ=255) ctGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGc < 1:425131/141‑1 (MQ=255) tGTATGGGCTTTGTATTTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGc < 2:268720/141‑1 (MQ=255) | CAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTA‑TTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGCTCCATAAAACCCTTGGCTTACTGTTGGTTCTTGAACGACTGTGCCACCCGCT > USA300TCH1516_ALE/2716666‑2716944 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |