| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP000731 | 5,779 | 0 | C | T | 6.1% | 1208.9 / 45.0 | 374 | intergenic (+296/‑1192) | cadX/USA300HOU_pUSA300HOUMR0010 | cadmium efflux regulator/MarR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (199/152); new base T (3/20); total (202/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
Only 100 of 395 total aligned reads displayed.
TTTGCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGT‑GGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTGAATTAATAGTAAATGTATTAATGAATACTCACACTTATACTTTTAAAATA > CP000731/5639‑5919 | tttGCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACactac > 2:783585/1‑141 (MQ=255) tGCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTg > 1:1020562/1‑141 (MQ=255) gCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGc < 1:1594816/141‑1 (MQ=255) gCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCACACTACTGc < 2:382742/141‑1 (MQ=25) 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TTTGCTAATCATTTTCGTTCACATCATAGCACCAGTCATCAGTGGCTGTGCTGTTGCGTATTATACTTATTGGCTTAGTAAACGCAACAAATAATTAATAGGCGACTTTATAAGCCAGCATCGAAAAAATCCCCACACTACTGCAATAGTGT‑GGGGATTGGTGCATTAATTGTTAATCATTTTCGTTATATAAATTATAACACTGGTTAGTAGAGAAATGCAAAATGATTGAATTAATAGTAAATGTATTAATGAATACTCACACTTATACTTTTAAAATA > CP000731/5639‑5919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |