Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 512,004 | T→C | 5.5% | intergenic (+72/‑6691) | recR → / → speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 512,004 | 0 | T | C | 5.5% | 509.3 / 14.4 | 163 | intergenic (+72/‑6691) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (73/81); new base C (3/6); total (76/87) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.50e-01 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAATGATGTGAATTG > USA300TCH1516_ALE/511864‑512144 | ggTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCttttt > 1:15414/1‑141 (MQ=255) gTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTt > 3:592383‑M2/1‑140 (MQ=255) gTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTt > 1:261335‑M2/1‑140 (MQ=255) ggCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTtta > 3:392248‑M2/1‑138 (MQ=255) ggCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTtta > 2:616641‑M2/1‑138 (MQ=255) gATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtgg > 4:586682/1‑141 (MQ=255) tAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtg < 4:341214/141‑1 (MQ=255) agagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg < 2:1138017/141‑1 (MQ=255) agagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg > 2:634221/1‑141 (MQ=255) agagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAAAAAAGCCACAATG‑ATTACACTGTGACTTTTCttactatagta > 2:573187‑M2/1‑130 (MQ=255) gagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TGATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 2:827391/141‑1 (MQ=255) gagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 1:1518345/141‑1 (MQ=255) gagTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAACCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt > 1:1255354/1‑141 (MQ=255) aagTATGCTGACGTAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAAAAATGTAATGTCTTCTATTACACATTTTTGATTTTAATACTATAGAAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 2:861974/140‑1 (MQ=255) gTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATggtgtggtgt > 2:607357/1‑141 (MQ=255) aTGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGa > 4:299597/1‑141 (MQ=255) gCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAAAAAAGCCACAATGATTA‑CACTGTGACTTTTCttactatagtattaaaat > 2:1545418‑M2/1‑123 (MQ=255) aCGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtact > 3:537747/1‑141 (MQ=255) aCGAAGTAACATAATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTATTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTTTGGTGTGGAGTGATGtact > 4:451011/1‑141 (MQ=255) aaGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 2:1334649/141‑1 (MQ=255) aGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGGACTACtt > 2:89980/1‑141 (MQ=255) gTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACttt > 2:205543/1‑141 (MQ=255) aaCATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAt > 3:258775/1‑141 (MQ=255) cATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAttt < 1:386337/141‑1 (MQ=255) tATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCg < 2:888663/141‑1 (MQ=255) aTCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg < 2:522532/141‑1 (MQ=255) aTCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg < 1:159391/141‑1 (MQ=255) aTCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg < 2:1500945/141‑1 (MQ=255) aTCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg < 1:943832/141‑1 (MQ=255) tCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGgt < 2:537176/141‑1 (MQ=255) cTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGTAAAGACACAGTG‑TTATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGgtg > 1:1313315/1‑141 (MQ=255) cTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGgtg > 3:9414/1‑141 (MQ=255) aaaGCAATCGCCGGTAGAACGTTAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGtgtg < 2:1157232/141‑1 (MQ=255) aGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGc > 3:333511/1‑141 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCg < 2:1109057/141‑1 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCg < 1:277373/141‑1 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAAAAAAGCCACAATG‑ATTACACTGTGACTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacatt > 1:419078‑M2/1‑99 (MQ=255) gCAAGCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCg < 1:766318/141‑1 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggt < 1:221388/141‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtg < 1:878113/141‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtg < 3:532377/141‑1 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtg < 1:700365/141‑1 (MQ=255) tCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtgg > 3:97089/1‑141 (MQ=255) tCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtgg > 1:1218240/1‑141 (MQ=255) gCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa > 1:171425/1‑141 (MQ=255) ggTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATgg < 3:115937/141‑1 (MQ=255) ggTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATgg > 2:876847/1‑141 (MQ=255) tAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGtt < 3:34968/141‑1 (MQ=255) tAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGtt > 1:133458/1‑141 (MQ=255) aGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGttt > 1:730721/1‑141 (MQ=255) aGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGttt > 3:676029/1‑141 (MQ=255) gAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTa > 2:1168435/1‑141 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTAc < 4:538710/141‑1 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCAGTGTGGCGGTGGTATGGTTTAc < 1:1183889/141‑1 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTTTTTTTATTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTTTGGTTTActt > 4:415828/1‑139 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCt < 4:388534/141‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTTTTTTTTTTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTa > 4:526895/1‑141 (MQ=255) gagatgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTGTAATACTATGGTAAGAGAAGTCACAGTG‑TAGTCAGTGTGGCTTGTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAg < 2:1655833/138‑1 (MQ=255) aaaTGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGt > 2:1435676/1‑141 (MQ=255) tgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGtttt < 1:81838/141‑1 (MQ=255) aatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACt < 1:642889/141‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAg < 1:791366/141‑1 (MQ=255) cttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAggg > 2:1104871/1‑141 (MQ=255) ttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGa < 2:1079726/141‑1 (MQ=255) tATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATgg < 4:689341/141‑1 (MQ=255) aTTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATggg > 1:1390025/1‑141 (MQ=255) ttAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGCGGGCTGGGt < 2:738285/141‑1 (MQ=255) ttAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGt < 2:15414/141‑1 (MQ=255) ttAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGt < 3:72557/141‑1 (MQ=255) aaaCATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGt < 4:189936/122‑1 (MQ=255) aCATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATc < 3:612193/141‑1 (MQ=255) tttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAg < 1:569185/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAgg < 2:527767/141‑1 (MQ=255) ttttAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGC‑TTTTTTATGGGGTGGTGTGGTGTAATACTTTTTTTGCGGTGTGGCGGGGGGTTGGTTTTCCTGGTTTTGCTGGGGGGTTGGTAATCTTTAGGaaaca > 3:629000/1‑141 (MQ=255) tttAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGaagca > 3:618725/1‑141 (MQ=255) aTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGcc > 1:716509/1‑141 (MQ=255) aCTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCgt < 1:521865/141‑1 (MQ=255) aCTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCgt < 1:1162808/141‑1 (MQ=255) ataGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCgttgg > 1:188661/1‑141 (MQ=255) ataGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCgttgg > 3:129608/1‑141 (MQ=255) gAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGAt < 2:350676/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGAtt < 1:751241/141‑1 (MQ=255) aaaaGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGAtt > 1:424586/1‑141 (MQ=255) aGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGt < 1:819771/141‑1 (MQ=255) tCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTa < 1:1012947/141‑1 (MQ=255) tCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcgattgctttagataatgttacttcgtcagcatactctaaatcgccacctaccga < 2:742232‑M2/141‑116 (MQ=255) tCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcgattgctttagataatgttacttcgtcagcatactctaaatcgccacctaccga < 2:289402‑M2/141‑116 (MQ=255) cacaGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTTTGTTTTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTAc > 2:820449/1‑141 (MQ=255) acaGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTTTGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACt > 2:694115/1‑141 (MQ=255) acaGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcgattgctttagataatgttacttcgtcagcatactctaaatcgccacctaccgata < 2:31884‑M2/141‑118 (MQ=255) caGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTCttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcgattgctttagataatgttacttcgtcagcatactctaaatcgccacctaccgataa < 2:246203‑M2/141‑119 (MQ=255) aGTG‑TAATCATTGTGGGTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTc > 1:478633/1‑141 (MQ=255) tg‑tAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTa < 4:488105/141‑1 (MQ=255) gtgGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATGTAATACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGTGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCTGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAatga > 4:264522/1‑141 (MQ=255) gtgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAatga < 4:93349/141‑1 (MQ=255) tgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAatgat > 3:87947/1‑141 (MQ=255) ggCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAatgatg < 2:1390025/141‑1 (MQ=255) gCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAATGAtgt < 4:374234/141‑1 (MQ=255) gCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAATGAtgt > 1:1109217/1‑141 (MQ=255) tttATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAATGATGTGAATTg > 1:979718/1‑141 (MQ=255) | GGTGGCGATTTAGAGTATGCTGACGAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTG‑TAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTTTAGGAAGCAAGCCGTTGGTTGTGATTTGTTACTTCTAATAGTAATGATGTGAATTG > USA300TCH1516_ALE/511864‑512144 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |