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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 622,533 | 0 | T | C | 7.9% | 446.3 / 6.1 | 178 | D1032D (GAT→GAC) | sdrE | Serine‑aspartate repeat‑containing protein E |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/74); new base C (13/5); total (99/79) | |||||||||||
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Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
GACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGACTCTGATAG > USA300TCH1516_ALE/622393‑622673 | gACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGTTTCACATGCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCACGCAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAt < 3:235384/141‑1 (MQ=14)gACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGAt > 1:1440616/1‑141 (MQ=255) cTCAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTc < 3:324649/141‑1 (MQ=255) cAGATAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCGGACTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGCGACTCAGATTCAGATAGCGATTCgg < 2:730086/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) agatAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCTGACAGCGACTCAGa < 3:308087/141‑1 (MQ=255) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActc > 1:1166722/1‑141 (MQ=255) tAGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGACTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGAGacacacacaa > 2:486915/1‑139 (MQ=17) aGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGCCTCAGACTCAGACAGTGATTCAGCATCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActct < 1:746800/141‑1 (MQ=255) aGCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCGACTCAGACTCAGACAGTGATTCAGATTCAGACAGCGACTCAGACTCAGATAGCGACTCAGATTCGGACAGCGACTCAGActct < 1:785707/141‑1 (MQ=255) gCGATTCGGACTCAGATAGCGACTCAGATTCAGACAGCGATTCAGACTCAGATAGCgactc > 1:278735/1‑61 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |