Predicted mutation | |||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | T→A | 5.1% | intergenic (+92/‑270) | yugI_2 → / → USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 950,098 | 0 | T | A | 5.1% | 750.5 / 23.0 | 214 | intergenic (+92/‑270) | yugI_2/USA300HOU_RS04740 | General stress protein 13/putative oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/109); new base A (6/5); total (100/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGATTTGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/949958‑950237 | cTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTttat > 2:1190633/1‑141 (MQ=255) tACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTttatta > 2:337499/1‑141 (MQ=255) aCCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAg > 2:687689/1‑141 (MQ=255) tCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACt < 2:670530/141‑1 (MQ=255) 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> 1:1368002/1‑141 (MQ=255) aaTTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGt > 3:556433/1‑141 (MQ=255) ttCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTaa < 2:1336128/141‑1 (MQ=255) ttCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTaa < 1:11806/141‑1 (MQ=255) cGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAata > 1:174594/1‑141 (MQ=255) cGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAata < 1:334527/141‑1 (MQ=255) 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2:631483/1‑141 (MQ=255) tAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATAtt > 4:258794/1‑141 (MQ=255) aTCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTAt < 1:621055/141‑1 (MQ=255) tCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTAtg < 4:625750/141‑1 (MQ=255) ctaatAAAATTTAATAGATACTAATCTCTTTTTTTTTTTTTTTACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTAtgt > 2:1017470/5‑141 (MQ=255) cTAATAAAATTTAATAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTAtgt > 1:1014330/1‑141 (MQ=255) 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CTTACCAATCTGGATAAAACAGTCAAAGCGAGCAATTCGAAACGACTAAAGGAACAGATAAATCGTACCGAAAATCATACAAAGGGTCTGAAATGAAAGTTTCTTAGACTATAAAAGAGATTAGTATCTATTAAATTTTATTAGATACTAATCTCTTTTTGTCTACGATAACGTAATATGATTGATTCTATTTACACGTACAAATGGTTTAAGGTGACATATCCATTATCTTTGTTAGATAGAATCGTTGATTTGCAATATTGTATGTGGATTTGTTTTT > USA300TCH1516_ALE/949958‑950237 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |