| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | C→T | 7.8% | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4 ← / ← hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,448,498 | 0 | C | T | 7.8% | 715.0 / 37.2 | 231 | intergenic (‑257/+20) | yxeP_4/hutI | putative hydrolase YxeP/Imidazolonepropionase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (113/100); new base T (12/6); total (125/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
AGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCAAATTACT > USA300TCH1516_ALE/2448358‑2448638 | aGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGc > 1:295722/1‑141 (MQ=255) gACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATGCAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCt > 1:490781/1‑141 (MQ=255) aCAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCtt > 1:569274/1‑141 (MQ=255) aCAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCtt < 2:1584033/141‑1 (MQ=255) cAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTa > 4:200755/1‑141 (MQ=255) ttAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCttt < 1:1289360/141‑1 (MQ=255) ttAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCttt > 1:191175/1‑141 (MQ=255) taataaTATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTagag > 3:449478/1‑136 (MQ=39) taataaTATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTc > 3:218420/1‑141 (MQ=255) aataatATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCt < 2:1067762/141‑1 (MQ=255) aataatATCGTAACACCGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCt < 2:44741/141‑1 (MQ=255) ataataTNGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa < 2:1247257/141‑1 (MQ=255) ataataTCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTa < 2:357796/141‑1 (MQ=255) atCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTATCTAattat > 4:383500/1‑141 (MQ=255) aaCACTGTTGTCCAACTATTCTAACTTTTATAATTTAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTAt < 1:896182/141‑1 (MQ=255) aaCACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTAt > 4:454585/1‑141 (MQ=255) acacTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATg > 4:295232/1‑141 (MQ=255) cacTGTTGTCAAACTATTCTAAGTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGc < 1:1395597/141‑1 (MQ=255) cacTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGc < 2:1038959/141‑1 (MQ=255) tgtCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTaaa > 2:643440/1‑141 (MQ=255) tgtCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTaaa < 1:635989/141‑1 (MQ=255) gtCAGAATATTCTTACTTTTATAATTAAGACTGTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACAAATGCGTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTaaaa < 4:113426/141‑1 (MQ=255) aaaCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGAt < 2:681286/141‑1 (MQ=255) aCTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATAc > 4:525760/1‑141 (MQ=255) tATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACtg < 2:168719/141‑1 (MQ=255) ttCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTTTGCTCTAATAGACGTGGTTTTACATACCACAAAAAGCTCAAAACATCAGTTTAAACCAATTCTTAGAGCTTACAAATTACAGTATGCTTTAAAAGNTACtcga > 2:1242264/1‑138 (MQ=255) ttCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACtgtg > 2:764569/1‑141 (MQ=255) ttCTAACTTTTATAATTGAGACCCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTACTTATTTTCTGCTTTACAAGATACtgtg > 1:1361453/1‑141 (MQ=255) tCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTgtgt > 3:53326/1‑141 (MQ=255) tCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTgtgt > 1:1418053/1‑141 (MQ=255) tAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTa > 1:1488571/1‑141 (MQ=255) aaCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTAt > 1:846566/1‑141 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc < 3:212529/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc < 1:592438/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc < 3:30180/141‑1 (MQ=255) aCTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATc > 4:475390/1‑141 (MQ=255) cTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCt < 4:597993/141‑1 (MQ=255) ttttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTa > 1:1338168/1‑141 (MQ=255) ttATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACg < 3:711747/141‑1 (MQ=255) gtataATTGAGACTCTATACAAAAACGTTTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTAca > 2:1479406/2‑140 (MQ=255) tataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGa > 1:379140/1‑141 (MQ=255) ataATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAACGATCTAAACCTTCGTTTACACAACTGCTTAGAGATTTCTAATTATTTTATGCTTTAACAGATACTGTGTTATCTACGAt < 1:1074582/141‑1 (MQ=255) taATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATg > 1:418421/1‑141 (MQ=255) taATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATg > 1:179209/1‑141 (MQ=255) taagaCTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt < 1:1539938/139‑1 (MQ=255) tGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt > 2:1297967/1‑141 (MQ=255) tGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt > 4:493028/1‑141 (MQ=255) tGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCt > 3:35275/1‑141 (MQ=255) ttttctctATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTTAATCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCtt > 2:847575/5‑141 (MQ=255) gaCTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTAc < 2:519828/141‑1 (MQ=255) aCTCTATAAAGAAAAGTATTTTGAAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAACATCTCTAAACATTATTTTAAACCAATGCTTAGAGGTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGAttaccttacc < 4:646945/141‑1 (MQ=255) taCAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTc > 2:1631245/1‑85 (MQ=255) taCAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCttt > 1:113543/1‑141 (MQ=255) aCGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTCATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACt > 1:1606507/1‑141 (MQ=255) gtgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACttt > 2:240781/1‑141 (MQ=255) gtgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATGATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACttt > 1:1570032/1‑141 (MQ=255) tgtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACtttt > 3:607555/1‑141 (MQ=255) gtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACttttt < 2:490781/141‑1 (MQ=255) gtTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACttttt < 1:509009/141‑1 (MQ=255) ttCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCTATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTc < 3:96099/141‑1 (MQ=255) ttCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTc > 2:953572/1‑141 (MQ=255) ctcGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTg < 3:643550/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGtgattgat < 2:915671/141‑1 (MQ=255) ttGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTGTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATa > 2:100329/1‑141 (MQ=255) ttttACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGCGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCaa < 4:694391/141‑1 (MQ=255) aCAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATg < 2:1338168/141‑1 (MQ=255) cAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGa > 3:480013/1‑141 (MQ=255) aCCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCANTGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGatat > 1:1468883/1‑141 (MQ=255) acaAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGa > 1:28196/1‑141 (MQ=255) tagaaaGCTCTAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTtaa > 1:1630402/4‑102 (MQ=25) caAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGaa < 1:1180921/141‑1 (MQ=255) aaaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAata < 1:1260638/141‑1 (MQ=255) aaaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAata > 2:1597155/1‑141 (MQ=255) aaaGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATGTGGAatat > 1:77257/1‑141 (MQ=255) aGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAatatat > 1:694550/1‑141 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTc < 2:704560/141‑1 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTc < 1:815975/141‑1 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTc < 1:16817/141‑1 (MQ=255) ctctAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTAATTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTc < 2:786786/141‑1 (MQ=255) tctAAGCATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCa > 1:749157/1‑141 (MQ=39) taagcATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATg > 1:1024766/5‑141 (MQ=255) aaaCATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGa > 4:61845/1‑141 (MQ=255) cATTGGTTTAAACTAATGTTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGAttt > 1:902440/1‑141 (MQ=255) cATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTCATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGAttt < 1:864344/141‑1 (MQ=255) aTTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTg < 3:463754/141‑1 (MQ=255) tAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGt > 2:1378267/1‑141 (MQ=255) gTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGc > 3:269958/1‑141 (MQ=255) gTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGc > 3:169930/1‑141 (MQ=255) tttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCa > 4:375032/1‑141 (MQ=255) ttAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCAt < 3:563305/141‑1 (MQ=255) tAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTgggatgca < 3:625782/141‑7 (MQ=255) aaaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATcc < 2:395186/141‑1 (MQ=255) aaCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGCATATATTCATGATTTGGTGCATccc > 2:1092034/1‑141 (MQ=255) aCCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCa > 2:84271/1‑141 (MQ=255) ccAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCaa < 2:865487/141‑1 (MQ=255) gCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCAAATTAc > 4:286421/1‑141 (MQ=255) gCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCAAATTAc < 1:42720/141‑1 (MQ=255) gCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCAAATTAc < 2:1097109/141‑1 (MQ=255) cTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGAcc > 2:1195850/1‑57 (MQ=255) cTTAGAGCTTTCTAATTATCTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGAcc < 1:1195850/57‑1 (MQ=255) | AGACAGTTGTTTAATAATATCGTAACACTGTTGTCAAACTATTCTAACTTTTATAATTGAGACTCTATACAAAAACGTGTTCTCGAATATACTTGTTTTTACAAACCACAAAAAGCTCTAAACATTAGTTTAAACCAATGCTTAGAGCTTTCTAATTATTTTATGCTTTAAAAGATACTGTGTTATCTACGATGACCTTACCGTCTTTAATAACTTTTTCTGCGTGATTGATACCAAAATGATATGGAATATATTCATGATTTGGTGCATCCCAAATTACT > USA300TCH1516_ALE/2448358‑2448638 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |