| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,607,228 | G→A | 6.1% | intergenic (‑25/+226) | USA300HOU_RS13430 ← / ← USA300HOU_RS13435 | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,607,228 | 0 | G | A | 6.1% | 663.2 / 4.9 | 224 | intergenic (‑25/+226) | USA300HOU_RS13430/USA300HOU_RS13435 | hypothetical protein/putative oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (124/81); new base A (2/16); total (127/97) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TATTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCTATTA > USA300TCH1516_ALE/2607090‑2607365 | tatTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTCTTTATATTAACTCCTAAAATGTGGTGGaa > 4:66341/1‑141 (MQ=255)tatTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGaa > 1:520273/1‑141 (MQ=255)tatTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGaa > 1:1288596/1‑141 (MQ=255) atTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGaaa < 3:49727/141‑1 (MQ=255) ttGCTTTTTGTTTTTTTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTCATTAAATTAACTCCTAAAATGTGGTGTaaaa > 4:270257/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTCATTTAAGTAACTCCTAAAAAGTGGTGAAAAATGa > 2:845390/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGa < 1:1135167/141‑1 (MQ=255) cTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGa < 1:1004720/141‑1 (MQ=255) gTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTTATTATAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAAt > 2:987900/1‑141 (MQ=255) gTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTTATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAAt > 2:1258342/1‑141 (MQ=255) tttctttttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAAtttt < 2:1614092/141‑1 (MQ=255) ttctttttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAATATGTGGTGGAAAATGAAAAAAttttt < 2:286828/141‑1 (MQ=255) cttttacGTCATATTTCAAAAAAAAATAAAAAAATGATTCAAATATAAATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGATATTTATTAATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGAAAAAAAAAAAAAAAATTTTtat < 2:347742/141‑1 (MQ=16) tttttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTtata < 2:801149/141‑1 (MQ=255) tttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAAt < 2:520273/141‑1 (MQ=255) ttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATc > 3:567169/1‑141 (MQ=255) ttcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATc < 2:873708/141‑1 (MQ=255) tcGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCt < 1:700174/141‑1 (MQ=255) tcGTCATATATCAATTAAAAATAAATGACTAATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATATAAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTATAATCt < 2:277869/141‑1 (MQ=21) ttttatatTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACTTGTTTTTTTTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCta > 4:684819/5‑141 (MQ=255) cGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCta > 3:667616/1‑141 (MQ=255) cGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCta > 4:292165/1‑141 (MQ=255) tCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCtata < 1:1258969/141‑1 (MQ=255) tatTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAAtt > 1:1593131/1‑141 (MQ=255) ttttcTTTTAAATAAATGACTGATGCAAATATACATTTCCATAAAATGACACCAATAATTATAAGATCATGTTTTTTGTTCATTAAAGTATATCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATg < 2:939757/137‑1 (MQ=38) ttCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATg > 1:555156/1‑141 (MQ=255) aCTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAAc > 1:255681/1‑141 (MQ=255) aCTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAAc < 1:517049/141‑1 (MQ=255) aataaatGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTTTTTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAg > 2:1140672/1‑141 (MQ=255) atGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATtat < 2:349923/141‑1 (MQ=255) atGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATtat > 3:662245/1‑141 (MQ=255) tGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATtata > 2:654787/1‑141 (MQ=255) cTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTTATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAAc > 2:392686/1‑141 (MQ=255) cTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAAc < 4:567169/141‑1 (MQ=255) cTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAAc > 3:527840/1‑141 (MQ=255) aTGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAAAATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCAt < 2:1080234/141‑1 (MQ=255) cTATACATATACATAAAATGACACCCATCATTANANANACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGCGGAAAACGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACt > 1:590271/1‑141 (MQ=255) tatacatatacaTAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTa > 2:1102693/1‑141 (MQ=255) tacatatacataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACa < 1:1597854/119‑1 (MQ=255) acatatacataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACa < 1:1323909/141‑1 (MQ=255) catatacataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACAt > 3:644079/1‑141 (MQ=255) atatacataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACAtc < 1:1623521/141‑1 (MQ=255) acataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTTTTTTTTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACAtcgtcg > 2:747293/1‑141 (MQ=255) acataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTACTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTATTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACAATAACACTAACAtcgtcg > 2:244188/1‑141 (MQ=255) cataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGc < 2:239352/141‑1 (MQ=255) cataAAAAGACACCAATAATTATCAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGc < 4:596379/141‑1 (MQ=255) aataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTTCTAAAATGTAATAAAAAAAAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGc < 2:694723/140‑1 (MQ=37) ataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGcc < 1:1504972/141‑1 (MQ=255) ataAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGAAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGcc < 2:187853/141‑1 (MQ=255) aaaaTGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCtt > 1:1393841/1‑141 (MQ=255) aaaTGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTAGcggtt > 3:323436/1‑137 (MQ=255) tGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCAtt < 1:1208159/141‑1 (MQ=255) gACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTa > 1:1156093/1‑141 (MQ=255) cacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATaa > 1:1541997/1‑80 (MQ=255) cacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATaa < 2:1541997/80‑1 (MQ=255) cacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAAc > 2:1291994/1‑141 (MQ=255) cacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAAc > 1:412967/1‑141 (MQ=255) cacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAAc > 3:441402/1‑141 (MQ=255) aacCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAAc < 4:637110/140‑1 (MQ=255) acCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACt < 1:1060323/141‑1 (MQ=255) aataatTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGa < 4:457917/141‑1 (MQ=255) aatTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTg < 1:1433704/141‑1 (MQ=255) aatTATAAAAACATGTTTTTTGTTAATAAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGAAAAATAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTg < 2:124474/141‑1 (MQ=255) atTATAAAAACCTGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGt < 4:148315/141‑1 (MQ=255) atTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGAttat > 4:121428/1‑139 (MQ=255) tataAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATCAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGGTa > 2:545230/1‑141 (MQ=255) tataAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTa > 2:610228/1‑141 (MQ=255) tataAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTa > 1:820053/1‑141 (MQ=255) taAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTaaa > 1:310113/1‑141 (MQ=255) taAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTaaa > 3:176470/1‑141 (MQ=255) taAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATCTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTaaa > 3:149675/1‑141 (MQ=255) aaaaaCATGTTTTTTTTTTTTTTATGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACCTTACAGATTATAAACCATAACACTAACATTGTCTCCTTCATTAATTTGATTGTTaaaa > 2:1107751/1‑141 (MQ=255) aaCATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGAAAAAAAATAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCa < 2:150504/141‑1 (MQ=255) aCATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAg > 2:767896/1‑141 (MQ=255) cATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGc < 4:235367/141‑1 (MQ=255) cATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGc < 2:1492700/141‑1 (MQ=255) aTGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCa > 2:1415211/1‑141 (MQ=255) gTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAAt > 1:1656569/1‑141 (MQ=255) ttGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTg < 1:1021140/141‑1 (MQ=255) tGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTga > 2:177006/1‑141 (MQ=255) ttCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTgaga < 2:695198/141‑1 (MQ=255) tCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGATAAAAAAAAAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGaa < 2:1053247/141‑1 (MQ=255) cATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAAt > 1:1406865/1‑141 (MQ=255) cATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAAt > 1:1500041/1‑141 (MQ=255) ttAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTg < 1:425802/141‑1 (MQ=255) aGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACa < 2:566858/141‑1 (MQ=255) aaCTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAgg < 1:907619/141‑1 (MQ=255) aaCTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAgg < 1:24135/141‑1 (MQ=255) aCTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGa > 4:154744/1‑141 (MQ=255) aCTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGa < 1:1093712/141‑1 (MQ=255) aCTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGa > 1:971512/1‑141 (MQ=255) cTCCTAACATGTGGTGGAAACTGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCACTTACTGACAACTGCCCCAGGaa > 2:1396533/1‑141 (MQ=255) aTGTGGGGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCGATAATTATGAACATTACAGAGGATAAACCGTAGCAGTATCAGCGCGGCCTTGATGGAGTTGGGTGTTAAAAGCAGCAAGTACTGAGAATTGGACAAGGAATAATGGcc > 1:830443/1‑141 (MQ=255) tgtgGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCt < 2:849317/141‑1 (MQ=255) tggtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCtat > 2:431290/1‑141 (MQ=255) ggtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACAt < 2:1645290/71‑1 (MQ=255) ggtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACAt > 1:1645290/1‑71 (MQ=255) gtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCa < 1:1524446/102‑1 (MQ=255) gtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCtatta > 2:1275997/1‑141 (MQ=255) gtggAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATCGTCTGCGGAATAATTGCCtatta > 3:359369/1‑141 (MQ=255) | TATTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCTATTA > USA300TCH1516_ALE/2607090‑2607365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |