Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 2,608,820 | 0 | A | T | 5.6% | 572.2 / 17.9 | 172 | intergenic (+101/+159) | USA300TCH1516_02485/USA300HOU_RS13450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/90); new base T (3/7); total (75/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
ACGTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAGGGGTAGT > USA300TCH1516_ALE/2608683‑2608960 | aataaaTTTTAAACAAGTAGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAata < 2:579619/137‑1 (MQ=255) aCGTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAata < 3:396648/141‑1 (MQ=255) aCGTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAata < 3:658091/141‑1 (MQ=255) aCGTAATTTTAAACAAGTTGAAAATGAAGGATTCTAATATCATTTCGTTTATATATAGCAGACATGATAGAATTTTATATGTAAATCTTGTAGGTAATCGTTTTAAAAATAATATAAGTATGACTAAAGCCACATCCAata < 1:344817/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGa > 4:178564/1‑141 (MQ=255) aGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGAc < 1:324375/141‑1 (MQ=255) aGCCACATCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGAc < 1:619214/141‑1 (MQ=255) ccACGTCCTATATTGGATGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCaa < 4:547813/98‑1 (MQ=38) cacgtCCTATATTGGATGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAg > 1:343596/5‑141 (MQ=255) caTCCAATATAGGACGTGGCTTTTAGTATCGTTCCAGATTTGTGGGGAGTTAGGGTTTACTTAATTAAAGGGGTCTGCCCTCAATTGCTCACCAACGAGGGCAAGTTACATCAATCACACTTCAATTGCCGCCGACTAggg > 2:776488/1‑141 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |